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达尔文一生中遇到的阻力与挑战数不胜数，大部分来自于宗教领域；同时他还面临着来自科学养同行的反对，他们相信已经找到达尔文理论的缺陷。
一种反对意见如下所述：达尔文的进化论坚信，从一类物种到另一类物种的演变是一个缓慢、渐进的过程。但是在新老物种之间，尚未发现处于二者中间状态的化石。达尔文非常清楚，目前的化石纪录并不是那么完美无缺。他希望随着古生物研究的发展，新发现的化石纪录能够处于中间状态物种的历史。
1861年，达尔文对未来化石发现的期望得到了丰厚的回报。一种与众不同，叫做始祖鸟的化石终于出土。始祖鸟是一种介于爬行动物和鸟类之的动物，长有羽毛丰满的鸟翅和蜥蜴的牙齿、骨骼、尾巴，恰巧是达尔文预见的那种动物。达尔文为之欢欣鼓舞，“始祖鸟化石对我来说是个重大事件”。后来，还发现了其它处于中间状态的化石，都是连接鸟类和爬行动物的纽带。整个这类动物被古生物学家称为兽孔目爬行动物，或类哺乳爬行动物，填补了爬行动物、哺乳动物，以及马和其它现代物种进化过程中完全关联的几个阶段之间的空白。
同时，现代古生物学家确信，演化的进程并不总是像达尔文所说的那样缓慢而稳定。有时新物种以相对突然的速度出现；诱发变异的速度也是时快时慢。生物学家和古生物学家正在进行研究，力图理解生命历史的这些突变。但是，未来的化石发现将会支持达尔文对存在中间状态生物的信仰，证明达尔文在这方面的思维是正确的。
另一种反对与时间有关，这也是困扰达尔文一生的问题。地质学开阔了人们对“深层时间”）地球历史可回溯到上亿年的遥远过去）的广阔视野。这种地质学的时间概念对于进化论思想来说极为重要。达尔文相信，所有的进化都要通过缓慢、微笑、难以察觉的变异的积聚进行，这是一个年复一年的漫长过程。他赞同地质学家查尔斯·赖尔关于地球年龄有上亿年历史的观点。1895年，根据达尔文的计算，从恐龙时代起地球已有三亿年的历史。
空棘鱼是科学家们认为在0。6—0。7亿年以前已经绝迹的一种鱼类，但是1938年在马达加斯加海岸捕获的一只活空棘鱼推翻了这一观点。此类“活化石”证明了达尔文化石记录不完全，只能部分理解的观点。
但是，1862年。著名物理学家威廉·汤姆森（WilliamThomson）爵士，即后来的凯尔文勋爵，宣称运用物理学知识。他已经能够确定地球的历史。凯尔文认为，依据赖尔和达尔文提出的漫长时间，地球将得不到阳光的照射。太阳存在的时间比上述时间长，会将所有的燃料损耗殆尽。停止提供光和热。依据对太阳年龄和地球温度从灼热状态到冷却状态速度的计算，凯尔文推断地球只有0。24亿年。但是，如果进化以达尔文描述的方式进行，即使凯尔文推测的时间也不够充裕。
达尔加信，凯尔文关于地球年龄的推测是个错误的观点，但是他不知道如何来证明，并且坦率地承认，这是他的理论所面临的最大障碍。达尔文去世后。直到发现了原子能和射线，这个问题才得以解决。原子能为太阳提供能量，使其延续的时间不知要比凯尔文的一亿年多出多少倍。另外，地球内部的放射性元素产生热量，这意味着地球冷却的速度比先前物理学家设想的速度慢得多。
地球历史比凯尔文的推想悠久得多。实际上比达尔文假想的时间还要漫长：当代科学家的推算表明地球历史有45亿年之久。听到这一消息，达尔文也许会高兴地说：“对自然选择来说，时间绰绰有余。
第六章 达尔文的遗产
托马斯·赫胥黎，达尔文的“牛头犬”，概述好友一生的成就如下：
查尔斯·达尔文，从来没有人像他那样艰苦卓绝地斗争；也从来没有人像他那样幸运。他发现了伟大的真理，却饱经践踏凌辱，深受偏执盲从的人谩骂，甚至全世界的哗然耻笑；他终于活到了这一天，看到主要通过自己的努力，它在科学领域作为不可辩驳的真理确立了自己的位置，并且成为普通人思维中不可分离的一部分……人生至此，夫复何求？
1885年反对达尔文的印刷品。几十年前，在查尔斯·巴比奇的聚会上，达尔文结识了历史学家托马斯·卡莱尔，他称达尔文主义是“肮脏福音”的话被其引用。
达尔文的“伟大真理”，生命的进化，的的确确成为科学界和普通人思维中的核心部分。但是人们接受它的道路并不总是那么一帆风顺，直到今天，围绕进化论的争论仍然在进行。达尔文知道，科学界的新思想经常会遇到强烈的抵制，就像人们固守平日的信仰一样。他写信给一位牧师朋友，叙谈反对《物种起源》的意见：“到目前为止，反对意见最强烈的部分，与当初反对太阳静止不动，地球环之运行的情况一模一样。”达尔文坚信，自己的思想将会像哥白尼一样最终大获全胜。在十六世纪早期，哥白尼证明地球环绕太阳运行，带来天文学划时代的革命。全面理解达尔文观点的一个障碍是，他的基本思想在某种程度上超出了生物学的范围。哲学家赫伯特·斯宾塞的工作是社会达尔文主义这个概念产生的原因。斯宾塞是达尔文主义的早期支持者。他创造了一个术语“适者生存”，作为对自然选择的概述。达尔文在《物种起源》（1869）第五版和《人类的后代》（1871）中，采用了这个说法。斯宾塞进一步将适者生存的概念运用于人类社会，认为由于自然选择，饱经苦难的穷苦人因为“不适合”将被“淘汰”。
别有用心的人利用了这个观点；最狂热的支持者是美国工业大富豪。他们相信，巨额的财富证明自己是“最适合”的，拥护你死我活的竞争和“胜者为王，败者为寇”的世界观。达尔文同样相信进化的力量适用于人类社会。例如，由于不能与更加强大的西方文化竞争，火地岛居民的土著文化最终难逃消亡的命运。但是，虽然达尔文认为，道德感不是上天所赐，而是进化的产物，他从来没有否定过人与人之间应当拥有道德责任感。尽管如此，社会达尔文主义的极端说法被用于为种族主义分子的滔天罪行辩护。例如，纳粹分子认为自己“种族优越”，犹太人和其它少数民族“不适合”，对他们施行了惨绝人寰的大灭绝。
引起混乱的另一个领域围绕着“进步”的概念。进化论常常与进步混为一谈，后者指向某个特定方向持续不停的运动。达尔文的进化论之前，拉马克把进化视为生命从“低级”形式向“高级”形式不断向上的运动。这种不断“进步”的观点使许多人接受了进化论，特别是关于人类的进化论。虽然不是十分喜欢自己是从类人猿进化而来的观点，但是子孙后代比他们优越的想法令人愉快。许多牧师也在这方面拥护达尔文主义，认为进化与进步相同，相信人类脱离蒙昧野蛮的初始状态后，向着更高的精神阶段不断进化。
斯蒂芬·杰伊·古尔德，哈佛大学进化论动物学家、进化论史学家，认为达尔文本身并没有严格区分进化和进步。严格地说，达尔文在自然选择论中认为，生命体适应周围环境的变化；但并没有指明在哪个特定的方向适应环境，是为了全面进步还是“提高”。1872年，达尔文给美国古鸟类学家阿尔斐俄斯·海厄特（AlpheusHyatt）写信：“经过长时间的思考，我不得不承认，不存在不断向前进步发展的内在趋势。”但是在达尔文生活的时代和社会，到处充斥着工业大帝国时代社会“进步”的骄傲，他不能完全消除那种变化就是变好的深入人心的观念。这样，他的有些论述可以被认为宣称进化就是进步，生命体不仅变得与以前不同，而且朝好的方向发展。这样做的结果是，认为进化就是进步的人，和认为进化是向没有总体方向变化的人，都将达尔文的话作为经典进行引述。当代大部分科学家赞同后一种观点：进化就是变化，但并不一定是向着“更高”阶段进步。
著名现代进化论生物学家斯蒂芬·杰伊·古尔德说：“从达尔文以后，世界就不同了。”
宗教是进化论最顽固的反对者。1860年，臭名昭著的牛津辩论后，进化论和宗教之间的矛盾仍然没有停止。多年以来，那些认为达尔文思想侵犯了早已盛行的宗教信条的人，积极反对他的观点。二十世纪初叶，这种情感在美国发起的基督教基要运动中表现得最为强烈。“基要主义者”由一位浸礼教编辑首创，赞赏地指那些为传统基督教“伟大的基本真理”而斗争的人。这些基本信仰之一是《圣经》传授科学真理。尽管一些早期的基要主义领袖接受了进化论，认为与他们对上帝的信仰并行不悻，但是在二十世纪二十年代，基要主义已经全面形成了反对达尔文主义的宗教运动。
斗争后来发展到对簿公堂的地步。1925年，田纳西州公立高中教师约翰．T．斯科普斯（JohnT．Scopes）为引起全国注意，故意教授关于人类起源的知识，触犯了新颁布的禁止在公立学校传授此类知识的州法，受到法庭的传讯。美国公民自由协会指控法律侵犯了斯科普斯的言论自由权。
斯科普斯审判案——或者像嘲弄达尔文关于人类起源观点的人所说的那样，猴子审判案，是科学史上的一个里程碑。争斗的双方分别是：一位是善于辞令、老谋深算、阅读广泛的著名政客——检察官威廉·詹宁森·布莱思（W。J．Bryan）；另一位是为斯科普斯辩护的著名律师——观点激进的克拉伦斯·达罗（ClarenceDarrow）。还有一位核心人物是名叫H．L．门肯（H．L．Mencken）的年轻记者。他用诙谐机智的语言描述审判时的事件，把布莱恩描绘成夸夸其谈、空话连篇的大胖子，达罗则是思维敏捷、聪明机智的自由思想家。1960年拍摄了反映这次审判的影片——《往事随风》。弗雷德里克·马奇（FredricMarch）扮演保守的检察官，斯潘塞·特雷西（SpencerTracy）扮演自由的辩护律师，吉恩·凯利（GeneKelly）扮演文笔犀利的记者。
1925年斯科普斯审判案将进化论雉上了田纳西州的审判庭。
令人惊奇的是，审判以斯科普斯的败诉告终。斯科普斯承认自己触犯法律，被判有罪并课以一百美元的罚款，后来由于一则法律条款此判决被推翻。从更广泛的意义上讲，这次审判虽然是思想之战，胜负对双方来说都不是十分明显。布莱恩宣称《圣经》是上帝的话语，凡夫俗子无权“诠释”，但达罗的诘问迫使他不得不承认，自己的确在“解释”《圣经》。例如，布莱恩承认，他不相信太阳围绕着地球旋转，尽管《圣经》中有些章节似乎暗示了这一点。达罗立即指出，既然可以做出一种说明，就可以做出无数的解释。对某些人来说，布莱恩和他的支持者，看起来好像是紧张兮兮、心胸狭窄、毫无逻辑的偏执狂；进化论者则比以前更加值得钦佩。田纳西州的这则法律“直保留到1967年，但是没有实施生效。科学家们不由暗自庆幸，注重逻辑的学术自由的力量终于一统天下。
这种自我庆幸似乎为时过早。基要主义与达尔文主义之间的对抗继续进行。二十世纪七十年代以来，成群的基要主义者（由于相信生命由超自然的神力创造，又被称为神造论者）活跃在一些教育系统，力图以所谓的“神造科学”取代在学校中传授的进化论生物学。神造科学企图说明，地球和生命的历史在某种程度上与《圣经》的《创世记》并不矛盾。法院裁决始终如一地表明，神造科学是宗教，不是科学，因此不能在公立学校中讲授。
神造论者和进化论者都对各自的理论怀着深切的激情，两者之间的论辩也异常激烈。神造论者认为，进化论侵犯了他们精神信仰的核心，反对向他们的孩子传授与宗教信条抵触的东西。另一方面，进化论者主张，问题的核心存在于事实、理论和信仰的差异当中。进化论是一门理论，是对可观察现象的解释，事实证明不胜枚举：地质记录，物种之间的结构联系，以及家养和野生动植物物种的变异等等。与任何理论一样，进化论灵活多变、富有弹性。经过修改，进化论也许能够，实际上早已能够解释任何新出现的事实。然而，《圣经》中的《创世记》并没有事实作为依据，恰恰相反，与许多广为人知的事实相互抵触。对于不需要论据的信念或信仰来说，倒是有情可原，但是这不能作为科学理论的基础。
1991年，加利福尼亚大学伯克利分校法学教授菲利普·约翰逊（PhilipE．Johnson），出版《审判达尔文》一书，做出了富有意义的区分。约翰逊指出，一些基督教基要主义者（他称为神造论科学家）坚持认为，《圣经》中上帝六天之内创造世间万物的描述是不折不扣的真理。还有一些神造论者认为，地球有十亿年的悠久历史，生命是进化而来，但是这个过程是在上帝的引导下进行的。约翰逊力图表明，像神造论者袒护神造论一样，进化论者偏袒自己的信仰，完全排斥上帝的存在。约翰逊在这里犯了一个错误，实际上进化论只是解释生命是一个自然进程，不需要神的力量或者超自然力量的介人。它并没有否定上帝的存在，只是说上帝不是生命历史的必不可少的部分。到目前为止，进化论科学从来没有明确表示上帝存在与否。然而，对于神造论者来说，没有上帝就无法解释生命则是一个不可更改的信条。神的创世奠定他们道德系统的基石。神造论科学家坚信，《圣经》中《创世记》叙述的全部是不容置疑的真理；进而非常激进地相信，传授进化论科学是对上帝的侵犯。科学与宗教的思想之争恐怕还会继续进行下去。
除了来自宗教的反对以外，达尔文主义还要面对来自科学界的异议。达尔文知道，最大的阻碍之一是缺乏亲本的特征如何遗传给后代的知识。十九世纪五十年代到六十年代，格利高利·孟德尔（GregorMendel）通过植物培育试验开始解决这个问题。但是直到二十世纪初，遗传原理开始形成时，他的研究成果才广为人知。大约在同一时间，细胞生物学研究取得突破性进展。科学家们很快确定，遗传特征与某些细胞紧密相关。从而促成了研究生物体及其群体遗传与变异的学科——遗传学的诞生。二十世纪六十年代，发现脱氧核糖核酸（DNA），现代分子遗传学诞生。DNA的庞大分子中包含磷酸酯和碳水化合物（糖）结合的线状体，为遗传信息编码，形成生命的基础。通过DNA，亲本的遗传信息转移给后代重新组合。
达尔文生前和去世多年以后，进化论比自然选择更加易于被人们接受。富有说服力的证据是，物种是由进化而来，但进化的运行机制并不显而易见。十九世纪最后一个年代和二十世纪初，科学家们提出了一系列有关进化论的思想，忽视甚至贬低作为运行机制的自然选择，曾经一度认为突变（生物体结构突然急剧的变化）是进化的原因，而不是达尔文提出的微小变化的缓慢积聚。二十世纪二十年代到三十年代，自然选择重新成为必不可少的基本部分。遗传学家证明，少数生物体内微小的变化，能够导致大规模生物群体的变化。
二十世纪四十年代左右，一些科学家，包括托马斯·赫胥黎的孙子动物学家朱利安·赫胥黎（JulianHuxley，1887－1975）和美籍俄裔遗传学家多布赞斯基（T．Dobzhansky，1900－1975），将达尔文关于自然选择的思想和对孟德尔遗传学说、古鸟类学以及其它领域的研究结合在一起，创立了“新综合派理论”（综合就是各部分的联合），又叫“综合理论”或者“新达尔文主义”。动物学家厄内斯特·梅厄（ErnstMayr）是新综合派的主要代言人之一。关于达尔文，他写道：“我们一遍又一遍地查阅达尔文的著作。因为作为勇敢无畏、富有智慧的思想家，他提出了许多别人从未涉及，关于人类起源最深刻的问题；作为富有献身精神和创新精神的科学家，他提供了才华横溢，震惊世界的答案。”
曾经一度激进的进化论思想已经渗透到大众文化的每一个方面。例如，加里·拉森（GaryLarson）的漫画对这个问题提供了一个异想天开的解答：如果像生物学家相信的那样，生命源于海洋，那么它们为什么移居到陆地？又是怎样移居到陆地上来的呢？
今天，进化论阐述的真理已被绝大部分科学家接受。“新综合派理论”产生后，进化论生物学并没有就此止步。二十世纪四十年代以来，人们不断探索，开辟进化论科学的新领域。科学家们不断�