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需要注意的是：上述情形中，个别的只是在专利申请过程中才会出现，例如申请不具有单一性，它不属于申请专利的发明本身存在的缺陷，完全可以通过修改得以纠正。但是，如果申请人坚持自己的意见不作修改，也会导致该申请被驳回。
由于经过实质审查的发明专利申请已经被公开，所以发明专利申请被驳回后，申请的内容自其公布日起就进入公知技术领域，申请人不能获得法律保护，其他人也不能再就相同的内容获得专利权。
第三十九条
发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门做出授予发明专利权的决定，发给发明专利证书，同时予以登记和公告。发明专利权自公告之日起生效。
本条规定涉及发明专利权的授予。
本条所述“发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由的”，包括两种情况：一是专利申请经实质审查后没有发现驳回的理由；二是虽然经实质审查发现专利申请有不符合专利法规定的缺陷，但是经过申请人的修改克服了所存在的缺陷。
虽然从条文上看授权过程主要是由国家知识产权局进行一系列的行为，如作出决定、登记、公告及颁发证书等，但是需注意的是：授权程序并不只是国家知识产权局单方面的行为，仍需要申请人的参与和配合。根据实施细则的有关规定，国家知识产权局发出授予发明专利权的通知后，申请人应当在规定的时间期限内办理登记手续。申请人按期办理登记手续的，国家知识产权局应当授予专利权，颁发专利证书，并予以公告；期满未办理登记手续的，视为放弃取得专利权的权利。
本条规定在专利法的两次修改中都有变动。
第一次修改专利法之前的第三十九条规定：“发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由的，专利局应当作出审定，予以公告，并通知申请人”。1984年制定的专利法还规定审定公告后有三个月的异议期，公众可以在此异议期中对发明专利申请是否符合专利法的规定提出意见，防止不符合专利法的申请被授予专利权。虽然这一规定的目的是为了保证专利授权的质量，其出发点是好的，但从实践结果来看存在一些问题。1985年实施专利法后发现，对发明专利申请提出异议的数量很少，在审定公告的发明专利申请中所占的比例不到1％，为了等待这样少量的异议而将所有发明专利申请的授权推后三个月，有一个是否值得的问题。此外，还有人恶意利用异议程序，故意阻碍专利申请授权，给申请人的利益造成不利的影响。为了加快审批程序，更好地保护申请人的利益，第一次修改专利法取消了审定公告程序，改为直接进行授权，将授权前的异议程序改为授权后的撤销程序。
在专利法的第二次修改中，本条的主要变化是增加了有关专利权生效日期的规定，即明确了发明专利权自公告之日起生效。在此之前，专利法中没有对专利权的生效日期作出明确的规定。在授权过程中有几个重要的日期，其中包括：国家知识产权局向申请人发出授权通知书之日、公告日、登记日、专利证书颁发日。这些日期不完全一致，究竟应当以哪一个日期作为专利权的生效日，对此一直有不同看法。为了明确此问题，经过第一次修改的专利法实施细则规定“以颁发证书之日为专利权生效之日”。这一规定虽然在一定程度上解决了权利生效日的问题，但仍存在一些不足，表现在：
第一，对于专利权这样一种经国家授权产生的重要权利来说，权利的起始时间点和终止时间点都应当在专利法中有明确的规定。将这样一个重要问题在实施细则中予以规定，而不是在专利法中予以规定，是不够妥当的；
第二，“颁发证书之日”的措词本身也不够明确。国家知识产权局向申请人颁发专利证书一般采取邮寄的方式，故国家知识产权局在专利证书上注明的日期和申请人实际收到证书的时间并不一致，但实践中将颁发证书之日均解释为证书上注明的日期，而不是申请人收到证书之日；
第三，以颁发证书之日作为专利权生效日期的规定本身也不甚合理，因为专利权作为一种无形财产权是一种需要公示的权利，其生效应以公示的方式让公众知晓，这样才能有效保护权利人及公众的利益。实践中，由于公告需要进行一定的技术准备，公告日往往晚于颁证日，于是就会出现要求公众在不知情的情况下承担责任的情况。此外，专利法规定无效宣告请求只有在授权公告日之后才能提出，而专利权人在其专利权生效之后，也就是在颁发专利证书之日后就有权行使其权利，这样就导致了专利权人可以提出侵权控告，而被告却无法提出无效宣告请求的不平衡状况。由于最高人民法院对侵权案件中因反诉无效而中止侵权诉讼的审理有严格的限制，就更是加重了这种不平衡状况的影响。
为了解决上述问题，专利法的第二次修改对本条规定作了调整，明确规定发明专利权白公告之日起生效。
此外，本条规定“发给发明专利证书，同时予以登记和公告”，其中“同时”二字是第二次修改专利法时增加的，这对国家知识产权局的工作提出了更高的要求，要求国家知识产权局应当作到同时完成颁发专利证书、登记、公告这三件事情，从而避免各种矛盾和问题的发生。
第四十条
实用新型和外观设计专利申请经初步审查没有发现驳回理由的，由国务院专利行政部门做出授予实用新型专利权或者外观设计专利权的决定，发给相应的专利证书，同时予以登记和公告。实用新型专利权和外观设计专利权自公告之日起生效。
本条规定实用新型和外观设计专利权的授予。
按照本条规定，实用新型和外观设计专利申请只需经初步审查合格即可授予专利权，不必经过实质审查。
与专利法第三十九条一样，本条在专利法的两次修改中也都有所变化。
1984年制定的专利法规定，发明专利申请经实质审查没有发现驳回理由的，专利局应当作出审定，予以公告；实用新型和外观设计专利申请经初步审查认为符合规定的，即行公告。专利申请自公告之日起三个月内，任何人都可以向专利局对该申请提出异议。专利法的第一次修改取消了对实用新型和外观设计专利申请的异议程序，规定实用新型和外观设计专利申请经初步审查没有发现驳回理由的，国家知识产权局即可授予专利权。该修改缩短了这两种专利申请的审批时间，有利于及早授予专利权。修改后的条文中虽然没有再写明“不再进行实质审查”，但是实际作法并没有改变，仍然不进行实质审查。
在专利法的第二次修改中，对本条的修改与对专利法第三十九条的修改相同，即明确规定实用新型专利权和外观设计专利权自公告之日起生效。
一、实用新型和外观设计专利申请的初步审查
与发明专利申请的初步审查一样，实用新型专利申请的初步审查包括明显的实质性缺陷的审查、对申请主体和代理的审查、以及对申请文件和其他文件的形式审查（参见对专利法第三十四条的解释）。但是，对实用新型专利申请的初步审查也具有其自身的特点。
在对实用新型专利申请明显的实质性缺陷的审查中，需要审查实用新型专利申请的主题是否符合专利法实施细则第二条第二款的规定，即是否属于专利法所称的实用新型。根据该款的规定，实用新型是对产品的形状、构造或者其结合所提出的适于实用的新的技术方案。凡是不符合这一规定的申请主题。都不能授于实用新型专利权。例如，一项申请涉及对一种已知产品的改进，其改进点仅仅在于改变某一部件的材料，用不同的材料替换原来采用的材料，这样的改进就不属于对产品形状或者构造的改进，因而不能授予实用新型专利权。可以认为，能够授予实用新型专利权的主题只是能够授予发明专利权的主题的一部分。因此，对申请主题的审查，是实用新型专利申请的初步审查有别于发明专利初步审查的—个重要方面。
由于专利法规定实用新型专利申请一定要有附图，所以初步审查中必须核实实用新型专利申请中是否包括附图，以及附图是否符合规定的格式要求。
按照专利法实施细则的规定，对实用新型的初步审查还包括是否违反专利法第九条规定的“先申请原则”以及是否构成重复授权的审查。但是，由于对实用新型专利申请的初步审查不进行检索，所以实践中一般只有在一项实用新型专利申请进入初步审查时，审查员已经得知不同申请人或者同一申请人就同样的发明创造提出了两项以上专利申请的情况下，才审查此项内容。
外观设计专利申请的初步审查范围也与发明专利申请的初步审查范围大致相同（参见专利法第三十四条的释义），但由于外观设计专利申请主题的特殊性，其初步审查过程也有—些特殊的地方。
对于一项外观设计专利申请，应当首先审查其要求保护的对象是否符合专利法实施细则第二条第三款的规定，即是否是对产品的形状、图案或者其结合以及色彩与形状、图案的结合所作出的富有美感并适于工业应用的新设计。外观设计的载体必须是—种工业产品，农产品、畜产品、自然物不能作为外观进计的载体。值得注意的是，实用新型专利申请也可以涉及产品的形状，但是实用新型对形状的改进必须在技术上具有意义，能够改变产品的功能；而外观设计专利申请涉及的产品形状是从使产品具有美感的意义出发的，两者不相同。例如，从传动角度出发对齿轮形状的改进就不能授予外观设计专利权。
外观设计专利申请不包括发明和实用新型专利申请所需要的说明书、权利要求书、摘要等申请文件，应当提交的是请求书、外观设计的图片或者照片以及简要说明等文件，因此对外观设计专利申请文件的初步审查要针对这些项目进行审查。初步审查中就申请人修改所作的审查，针对的是该修改是否明显超出原图片或者照片所示的范围。
按照专利法实施细则的规定，对外观设计专利申请的初步审查也应涉及是否违反“先申请原则”以及是否构成重复授权的审查。但与对实用新型专利申请的初步审查一样，只是在某些明显的情况下才审查此项。
对于实用新型和外观设计专利申请中可以通过补正方式消除的缺陷，应当给申请人提供进行补正的机会。国家知识产权局一般是以补正通知书的形式通知申请人，指出专利申请文件中存在的缺陷，必要时提出适当的修改建议，要求申请人在指定的期限内予以答复并进行修改。对于实用新型和外观设计专利申请文件中存在的无法以补正方式消除的缺陷，也应当给申请人提供陈述意见的机会。国家知识产权局一般是以审查意见通知书的形式通知申请人，指出缺陷并说明理由，要求申请人在指定的期限内陈述意见。申请人没有正当理由期满不答复的，其申请将被视为撤回。答复或修改后，申请仍然不符合专利法和实施细则规定的，国家知识产权局将对该实用新型或者外观设计专利申请作出驳回决定。
实用新型和外观设计专利申请经过上述初步审查没有发现驳回理由的，国家知识产权局应当作出授予实用新型专利权或者外观设计专利权的决定，并将该决定以授权通知书的形式发给申请人。申请人在规定的期限内办理有关专利登记手续后，国家知识产权局将发给专利证书，并在专利公报上予以公告。实用新型、外观设计专利权与发明专利权一样，自公告之日起生效。申请人没有在规定的期限（通知之日起二个月）内办理登记手续的，视为放弃取得专利权的权利。
二、关于初步审查制度的讨论
我国对实用新型和外观设计专利申请实行的是初步审查制，也就是只对申请文件是否完备、申请文件是否符合要求、是否存在明显的实质性缺陷进行审核。只要这些条件符合要求，就可以授予专利权。对实用新型申请专利的主题是否具有新颖性、创造性以及对外观设计专利申请的设计方案是否具有新颖性等授予专利权的实质性条件，则不进行审查。这种制度的好处是十分明显的，即审批迅速、收费低廉，使申请人能够尽快地获得专利保护。但是，这种制度的缺点也十分明显，即授予的专利权不十分可靠，其法律稳定性较差。因此，自从1985年实施专利法以来，对我国是否应当保留这种审查制度，就一直存在着不同的看法和争论。
应当看到，自专利法实施以来，实用新型专利受到了国内公众的普遍重视，其申请量与授权量一直居三种专利之首，对鼓励发明创造、促进技术进步起到了不可忽视的作用。同时，国际上对实用新型制度也给予充分肯定。例如，国际保护工业产权协会第36届年会上指出：实用新型制度在经济和法律上具有重要意义，有必要加以完善和推广。目前世界上已有60多个国家（地区）实行了实用新型制度。当然，这些国家中对实用新型采取的审查制度不尽一致，有些国家实行实质审查制、有些国家实行检索制等等，而大多数则实行形式审查制或者初步审查制。我国外观设计专利申请的数量增长迅速，从1990年的3 717件增长到1999年的40 053件，这表明外观设计的保护在我国受到了越来越高度的重视。从这些情况来看，对实用新型和外观设计专利申请实行初步审查制还是较为合理的。当然，我们也应当重视初步审查制度存在的缺点，进行必要的完善和改进。为此，在专利法的第二次修改中，我国借鉴一些国家的作法，增加了对实用新型专利出具检索报告的规定，即规定在涉及实用新型专利申请的侵权案件中，人民法院或者管理专利工作的部门可以要求专利权人出具由国家知识产权局作出的检索报告（详见专利法第五十七条的释义）。采用这一措施将在一定程度上解决由于实用新型专利未经实质审查而授权所存在的问题，减少不必要的纠纷。
第四十一条
国务院专利行政部门设立专利复审委员会。专利申请人对国务院专利行政部门驳回申请的决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内，向专利复审委员会请求复审。专利复审委员会复审后，做出决定，并通知专利申请人。
专利申请人对专利复审委员会的复审决定不服的，可以自收到通知之日起三个月内向人民法院起诉。
本条是对国家知识产权局设立专利复审委员会、请求进行复审以及对复审决定不服提起诉讼的规定。
本条第一款规定，国家知识产权局设立专利复审委员会。专利复审委员会的任务主要有两项：第一，负责对国家知识产权局驳回专利申请不服而提出的复审请求的审查工作；第二，负责对任何人提出的宣告专利权无效的请求的审查工作。专利复审委员会由有经验的技术和法律专家组成，其主任委员由国家知识产权局局长兼任。
根据专利法的规定，国家知识产权局对其受理的专利申请应当进行初步审查或者实质审查。对不符合规定的申请，国家知识产权局应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见，或者对专利申请进行补正或修改。在充分考虑专利申请人陈述的意见和作出的修改后，再决定是授予专利权，还是作出驳回该专利申请的决定。专利法及其实施细则规定这些程序的目的在于为申请人依法获得专利权创造更为有利的条件，使国家知识产权局作出的处理决定合法、适当。但是，即使经过这些程序，国家知识产权局作出的驳回专利申请的决定仍然可能存在不符合专利法规定的情况。因此，有必要设立专利复审委员会，再给专利申请人以申诉的机会。
国家知识产权局作出驳回专利申请的决定包括两种情况：一种是国家知识产权局经过初步审查后，认为发明、实用新型或者外观设计专利申请不符合专利法的规定而予以驳回；另一种是国家知识产权局经过实质审查后，认为发明专利申请不符合专利法的规定而予以驳回。
根据本条规定，专利申请人对国家知识产权局驳回其申请的决定不服请求复审的，应当在收到国家知识产权局驳回决定之日起三个月内，向专利复审委员会提出复审请求。向专利复审委员会提出复审请求的，应当按照专利法实施细则的规定，提交复审请求书，说明理由，必要时附具有关证据。复审请求必须是针对国家知识产权局的驳回决定而提出的，如果是针对国家知识产权局的其他决定，例如视为撤回专利申请的通知，则专利复审委员会不予受理。复审请求书不符合规定格式的，复审请求人应当在专利复审委员会指定的期限内补正；未在该期限内补正的，该复审请求被视为撤回。
复审请求人在提出复审请求时或者在答复专利复