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紧急疾病组织用了6天完成了病毒追踪工作。坎贝尔博士在报告中详尽地分析了情势，和大多数科学家那样，他也不愿做出绝对的结论。在报告中他写道：“从普拉姆岛向岛外传播病毒不太可能，但也不是绝对没有可能。病毒的爆发也不太可能来自普拉姆岛外部，应该不是外部带菌者传到岛上的。”他告诉一位记者：“出了这样的事，虽然我们很尴尬，但我们认为疾病不会从岛上扩散出去。”而且他还说，这种病一般不会感染人类。“虽然不是说所有的动物疾病都不会感染人类，但这种病毒的几率确实不大。”而与此同时，在257实验室里，唐纳德•；摩根博士正在和他的伙伴通力合作，化验从被毁灭的动物身上提取的200多个样本，结果发现了一种新的口蹄疫菌株。通常情况下，新发现的病毒菌株会用发现地点命名，于是摩根就把它命名为“P。I。S。S。”，即“普拉姆岛副菌株”（Plum Island Sub Strain）。但是，农业部对此却怒气冲冲，因为这样一来，口蹄疫在美国的爆发就会导致一连串的连锁反应，全世界都会抵制美国的肉类制品，农业部、甚至整个美国经济都会受到影响。他们不准普拉姆岛把病毒菌株命名为“P。I。S。S。”，不准提及“疫病爆发”之类的话，只准称之为“事故”，而且还拒绝向公众披露此事。直到今天，华盛顿方面的官方说法，包括《华盛顿邮报》、《纽约时报》或是《华尔街日报》等报刊的说法都是：美国最近一次口蹄疫爆发是在1929年。但是，我们都非常清楚，美国最近一次口蹄疫爆发是在普拉姆岛，1978年9月15号。
1978年的9月正是卡利斯主持修建的实验室投入使用的时候。但是，一开始它就给普拉姆岛和它的主管留下了污点。据卡利斯说，当时实验室的建设工程还“只完成了很小一部分”。堆得高高的建筑原料、脚手架和各种建筑设备，包围着白色的101实验室，使它看起来更像是一片狼藉的战场，而不是工地。更糟的是，因为病毒泄漏和施工缺陷等原因，工程不久之后就遭到了联邦政府的调查。
这项工程的目的在于拓展实验室的研究空间。在1952年时，由于国会只批了三分之一的预算，因此农业部没有完成预期目标，只修建了两座实验室大楼，使里面的每个实验室侧楼都可以一次研究一种病毒，以便避免交叉感染。但是，普拉姆岛要研究的外国病毒数量如此之多，但空间却实在有限。
除101实验室之外，新建工程占地6500平方米，包括一个圈养动物的侧楼，以及可进行病毒研究和解剖的实验室。这一工程还包括年产3000万试剂（即每天8820针）的工作间，以及存储病毒的冷冻仓库，另外还有一个设计别致的休息大厅，以取代普通的警卫室和保安室。加上这些附加设施，才算达到农业部当初的规划。这样，这里就能进行更多的研究，并且雇佣更多的员工（计划再雇佣50人）——更多的研究意味着能取得更多的科研成果。
当然，这或许只是农业部一厢情愿的设想。
在接下来的几个星期里，卡利斯对建筑工人提出了这样的说法：“我们认为，在很大程度上，这次疫病爆发与建筑施工或操作流程的改变有关。为了配合工程，我们允许了一些人进入综合楼围栏，但这在一般情况下是不允许的。”他的这种措辞让很多人都摸不着头脑。很多人认为，由于所有实验都是在实验室内部进行的，除非有病毒从内部扩散出来，或者是进行了户外病毒实验，否则，允许建筑工人进入综合楼一带并不能导致病毒的逃逸。
没有结论的调查
摩根博士认为，21号楼和巴特里•；斯蒂尔候宰栏提取的动物血清没有什么问题，于是，他把焦点对准了62号楼。在病毒爆发时杀死的动物中，他发现关在中心围栏区，即第5、第6号围栏里的动物体内产生的抗体数量多，而关在两边和后面围栏里的动物抗体少。这说明，病毒可能是被动物管理员带到这里的（比如粘在他的手、袖子上），或通过空气介质传播的（如果是从实验室泄露出来的）。抗体数量显示，病毒已经传播了大约2~3个周期，繁殖、传播了将近一周。
在疫病爆发后的10天，岛上工程技术和工厂管理处的负责人默隆•；威金（Merlon Wiggin）写了一份洋洋洒洒的备忘录，题目为“管理委员会的尴尬境地”。威金负责岛上除研究以外的事务，包括海运、污水处理、供水、供电、紧急发电厂、车辆调配场、一般养护工作，以及生物排污等，是仅次于主管卡利斯的第二号人物，手下的雇员是研究人员的两倍。同时，他还掌管着雇员去留的生杀大权。威金是在缅因州的小镇长大的，在30岁那年，他申请到普拉姆岛来工作，黑根主管雇用了他。在普拉姆岛的初创期，威金负责这里的工程和一些小型维修工作。
在威金的备忘录里，他不经意地承认了有些设施存在安全隐患：
焚化区存在问题。对这个区域的检测发现，每分钟从高危污染区逸出几十立方米的空气。
“另外一个有问题的地方就是实验室的排气系统。”威金说，他发现屋顶的107号过滤装置在散气时容易藏污纳垢。“几乎10年来，我一直都要求更新的设备必须先进行检测（而且我们有设备完成这样的任务），我还建议通过更新设备提高工作效率。”他没有挑明是谁阻止了作为工厂管理主管的他，进行这样的检测和更换工作？他也没有说无视于这些工作会带来什么后果。威金说：“很显然，病毒是在62号楼由人传染给动物的。” 他写道：“看起来，病毒不应该是通过空气中的悬浮微粒；如烟、雾等，从101实验室传播出来的。”如果这种推论正确的话，那就是说，是动物管理员或科学家忽视了生物安全措施，传播了这种疾病，而不是威金手下的雇员。
但是奇怪的是，威金将101实验室四周的施工排除在事故原因之外，特别是焚化区。他说：“我们仔细检查了其他区域，例如施工人员区等，但是什么也没有发现。”当然，这么说是为了自己的利益，他是联邦政府的施工官员，承接普拉姆岛工程的约瑟夫•；莫顿建筑公司（Joseph Morton pany）也是他找来的。“我觉得至少应该承认，岛上的实验室建筑还称不上有最完善的安全保障。”他做了这样一个总结。但是即便如此，关闭普拉姆岛实验室也不是大家都能接受的。“如果那样做，我觉得得不偿失，延迟恢复日常工作状态会在各个方面造成损失（金钱、工作、培训、维修等）。”
威金还发现，当天早些时候，101实验室的工头杜鲁门•；库克（Truman Cook）和他的手下都在紧张地给焚化炉喷洒碱液，尽管一周之前他们就被告知，在没有进一步指示时，不要对任何过滤设备进行排污或改换，因为调查小组要对这一区域展开调查。当威金得知库克要改换这里所有的过滤器时，他命令库克马上停止。
第三部分屠杀日
第二天一早，当调查委员会赶到焚化区的更衣室时，他们发现炉子里散发出的热气充斥了整个房间，而且还弥漫着腐烂变质的肉的气味。库克和他的员工那天都请了病假，这在以前是从未有过的。负责调查委员会的是岛上的安全主管杰里•；沃克（Jerry Walker）。沃克发现房间的进气装置被堵塞了，连通到焚化炉的进气管也被堵住了。而且，外面的光线能够直射进来，屋里的空气也能自由逃逸。调查委员会的一位成员指出，紧急门上缠的胶带都已经松动，门也保持着微开的状态，沃克命令他们立刻把它关紧。由于库克他们已经喷洒过碱液，调查人员无法检查滤过部但是接下来，调查委员会发现了更触目惊心的东西，在后来的报告中他们写到：“有些过滤设备根本没有安装好，还存在着大？。9厘米的缝隙。”这就意味着，任何时候都有不少于75万个病毒可逃逸到室外。当威金打开空气负压系统时，他发现，进气扇先于排气扇运转，而正常的运转过程应该正好相反。可气的是，电工居然把电线的布置颠倒了。
沃克博士察看了焚化炉日志，并同记录员谈了谈。当他发现在每个屠杀日，这里的空气压力数字的记录都相同时，他无奈地摇了摇头。如果不是测量仪器出了问题，就是记录员捏造了这些数字。他听着旁边的记录员解释数字相同的原因，意识到这种解释“根本没有任何意义”。抑制不住内心的激愤，他在报告中写道：“承担焚化工作的人必须知道，控制室内空气压力到底意味着什么，他们必须要保证压力能够达到所需的要求。”
在接下来的一周里，默隆•；威金和他的助手爬上101实验室屋顶，检查107号空气过滤装置。如果说焚化炉已经变形了，那么屋顶的情况更糟。他们发现，实验室的沥青屋顶上堆着很多金属材料，而且，在过滤器和屋顶之间起密封作用的橡胶衬垫已经变脆、破裂，可以任由空气出入，而有些衬垫甚至已经不见了。滤过部的基架安装也很粗心，开口部分“成了空气自由流通的场所，完全失去了过滤装置应有的作用”，而且看起来像是生手安装的——把旧的拽出来，把新的扔进去，根本未加任何思考。管道系统也有洞，新换上的过滤器比原先使用的尺寸小，所以密封性能极差。总之，此次屋顶之旅触目惊心，让威金他们相当焦虑。
对室内的考察同样也令人震惊。空气压力日志比焚化炉的日志还差，焚化炉日志至少还填上了数字，而这个日志在病毒爆发前4个星期内的记录全都是空白。威金发现，很多实验室都没有保持气压平衡，有些甚至比外部要高，也就是说，很多病毒可以在整个大楼里四处流窜，或者经由厚厚的过滤膜和炭滤器逃逸出来，甚至更容易。更令威金吃惊的是，他发现过滤装置根本没有维修保养。将近30年来，塑胶衬垫从来就没有被改换过（最开始是在20世纪50年代安装的），衬垫之间的空气过滤器已经完全失去了作用。而且，不仅是空气过滤装置有问题，下水道排污通风口的过滤装置也状况不佳，它们的作用本来是过滤有毒的生化垃圾和动物尸体、废料等，但是很多这样的过滤装置都已经不见了。这一切深深地震惊了威金。
威金终于意识到，为什么一听说调查委员会要来检查，负责这里的库克和他的手下就一通忙活，修修补补；为什么他们今天全都没有露面，而打电话请了病假。
经过这一番检查，作为首席工程师的威金先生，再也无法把实验室大楼称为安全场所了。他告诉调查委员会：“我认为在没有对设备进行维护、维修之前，101实验室大楼已经不适宜进行外国动物病毒实验了，那样做很不安全。”他说的维修、维护工作包括对过滤装置进行烟尘检测，确保能够阻断空气流通，然后才能再投入使用。
看到威金发现的问题，卡利斯和沃克博士心里也觉得非常不舒坦。但是，研究不容拖延，特别是一项与裂谷热病毒相关的研究更是刻不容缓。他们极不情愿地接受了烟尘检测这一花费巨大的请求，但要求与此同时继续进行病毒实验。卡利斯在写给华盛顿的信里这样说：“在未来的几周中，我们不准备进行新的实验，除了已经承诺将要进行的实验之外。”也就是说，实验室根本不会因安全问题而停止运转。在烟尘实验过程中，沃克博士和威金看到白烟从有漏洞的过滤装置、衬垫等地方四处渗漏，说明比烟尘小很多倍的细菌逃逸出去更是轻而易举。107号空气过滤装置已经完全不能用了，需要立即进行更换。
在空气过滤器被修好之前，科学家们转移到一处年久失修、多处渗漏的临时场所继续他们的实验。尽管他们自己也知道，这样的环境是不利于进行细菌实验的。
调查委员会在1979年1月9号把报告交给了卡利斯。报告中包括对普拉姆岛上的三条核心防线的调查，即实验室安全措施、对人员和物品的管理以及岛的地理位置，其中前两项都是失败的。他们对事故原因的推测是这样的：有一名动物管理员像往常那样进入62号楼给动物喂食，当动物吃东西的时候，管理员对它们进行逗弄、爱抚，于是在不知情的情况下把病毒传染给了这些动物。
但是这样的解释并没有说明：为什么在严格遵循程序的情况下，动物管理员会成为病毒携带者？调查员把原因归结为焚化炉车间以及107号空气过滤装置。如同沃克博士发现的那样，多年来，焚化炉的内部压力一直和外界压力不同，而按照焚烧原则不应该是这样。由于这样的失误，“整个操作区域一直对外界施加压力，”换句话说就是，通过漏洞和缝隙，排气系统不停地向外界排放污染物。
未被调查人员认可的还有一种理论，把病毒的爆发归咎于建筑工地上的工人。他们说，在下大雨的时候，雨水通过焚化炉募板渗了进来，然后这些被污染的雨水又流了出去。“当时他们正在为安装暖气管道和烟囱挖沟，而我们这里下大雨已经一个多星期了。”一名工人这样说。夹板附近的污垢被挖出来，并运送到？2号楼动物围栏约300码的地方。另外，委员会认为，还有一个原因也能造成病毒的扩散。“也许与下水道渗漏有关系。”本•；洛宾斯这样说，他是普拉姆岛退休的技工。当时，有一名建筑工人挖破了深埋在地下的一根管道，这根管道是101实验室向62号楼排污工厂运送污水的。也许是因为污水渗漏到泥土中，继而又污染了62号楼。
调查人员也采访了工人，得到了类似的担心。工人们说，紧急备用发电设备“陈旧，而且急需更新”。他腔沽私獾剑工人都对岛上日益松散的安全措施感到担心，同时也提及了安全主管杰？amp；#8226；沃克的频繁缺席。
调查委员会认为，岛上的设施是如何变成这样的，这一切又到底是为什么，这是“迫切需要回答的问题”。但同时他们也承认，“科研项目的日益增加、设备的陈旧、工作人员的减少，以及有限的财政预算，还有通货膨胀等因素”可能是造成这一切的原因。同时，工厂管理和安全人员方面的疏漏也是原因之一。“现有员工是否得到了合理的使用，是否存在人员缺乏问题，这些都是需要研究、解答的。”
调查委员会在结论中写道：“我们最终也很难就感染问题得出一个明确的答复。”在这份报告的签字中，包含了岛上两位重量级人物：安全主管杰里•；沃克和工程主管默隆•；威金。
第三部分替罪羊
卡利斯博士向华盛顿方面汇报说，针对这种情况，岛上已经立即采取了行动。62号楼被关闭了；除了C实验室的过滤器会在2月份完成之外，其他的空气过滤器已被全部更换；为了协助沃克博士，实验室新招了两名安全助手负责每天对空气过滤装置进行检查。他保证，257实验室经过检椋情况良好，而且已经为裂谷热病毒的研究做好了准备。“我们都非常尽心地完成那些剩下的工作，这样就可以进行更多的研究，以便在生产上取得更大突破。？
卡利斯还新成立了两个委员会，分别是特别操作审核委员会和安全委员会，前者对人员和材料方面出现的问题进行评估，后者主管安全问题。不知为何，沃克博士，这个应当对此次病毒爆发负责的人也成为了安全委员会的一员。1979年2月14号，在递交给卡利斯的秘密报告中，这两个委员会把事故责任推给了工程负责人默隆•；威金。报告说：“由于工程管理不当，对工厂的管理出现失误，导致了病毒从101实验室泄漏，这完全违背了普拉姆岛的安全行为规范。”和施工单位的合作过程也完全超越了实验室维护的惯例。报告还提及，威金和实验室工头杜鲁门•；库克之间存在“严重的沟通障碍”。另外，实验室工头对排污工作缺乏最基本的认识和常识，“尤其是对空气操作系统的功能。”这份报告把安全主管沃克的责任推卸得一干二净，指出没有人把安全隐患告诉这位安全主管。最后，他们下结论说，本次事故的罪魁祸首是工程和工厂管理负责人默隆•；金，以？01实验室的工头杜鲁门•；库克。
而卡利斯则选择了这个时候到弗罗里达度假，把岛上的烂摊子留给了他的助手，副主管约翰•；格雷夫斯。卡利斯走后没几天，格雷夫斯就对威金和库克进行了处罚，将他们留职察看，而且扣发工资。格雷夫斯告诉媒体，威金和库克要对空过滤系统缺乏维护负责。但是，安全主管沃克和负责�