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又一次侮辱接踵而至。葬礼后，正式宣布了系主任的任命——然而是托尔曼，而不是鲍林。这可能只是表示对前辈尊重的一种形式，因为托尔曼早就表明自己不堪此任，因此马上拒绝了，然而这实际上等于又打了鲍林一记耳光。
最后终于把系主任的头衔交给了鲍林，但是鲍林对于此等羞辱怒不可遏，拒绝接受。他不及考虑后果，匆匆地给密立根写了一封简短而直率的拒绝信。他在信中写道，新的系务委员会结构意味着他要在没有实权的情况下承担责任。提议的7500美元的工资也太低。他需要学校作出支持化学系的承诺。而且，他希望得到的不光是系主任的头衔，还有诺伊斯的另一个头衔，盖茨实验室主任。他在8月10日把这封信交了上去，然后带着全家上俄勒冈度假去了。
两星期后，他回到学校。在给朋友的一封信中他写道：“我们的化学系仍是一团糟，恐怕在一切走上正轨之前我们还要碰到许多麻烦。”密立根原以为诺伊斯的死会让鲍林幡然悔悟，欣然接受系主任的任命；鲍林信中的语气让他大惊失色，他拒绝把这封信交给行政委员会。这封信正是他对鲍林担心的明证：他太年轻，太缺乏经验，难以担当系主任的重任。太容易采取“独裁”的手腕。密立根拒绝给鲍林任何答复。
鲍林和“长官”继续沉默地对视着，过了整整两个月，鲍林才眨了眨眼睛。在11月份，他再次要求密立根告诉他将会发生什么。密立根冷若冰霜地回答说，他在等待鲍林提出能使自己“满意”的机构改革计划。
即便他们之间进行了谈判，也没有获得任何成果。1937年新年过去了，化学系仍然没有系主任。
韦弗在自己纽约的办公室里关注着事态的发展。他越来越不耐烦，决定采取行动。诺伊斯的生物有机化学资金已经启动；韦弗认为鲍林和一个顶尖的有机化学家合作能够完成大事，而且他也希望这笔资金能够产生效果。加州理工学院现在的恶劣环境让什么事都变得复杂了。尽管他深知鲍林缺乏团队精神——他认为，鲍林在8月份将那封拒绝信交给密立根时，密立根应该好好“打他的屁股”——他仍将鲍林视作自己在加州理工学院计划中的关键人物。
韦弗在1937年1月乘火车来到帕萨迪纳进行协调。他发现局势比他担心的还要糟糕。鲍林和密立根切断了彼此之间的所有联系。密立根本人开始管理生物有机化学资金，尽管他对此一窍不通。鲍林则高傲地呆在一边，等待着对他有利的决定。
韦弗首先和鲍林坐下来谈。有个能够理解自己的人来听自己的牢骚，鲍林把郁积在心中的话一股脑儿都倒了出来。他说，他担心不能很好地平衡自己在学术和行政上的时间。看看诺伊斯的情况——他事无巨细地处理着学院的事务，而本人在实验室里却没有搞出任何有价值的成果。系主任在新的系务委员会制度下不过是一个傀儡，没有决策权，却要为那些不是自己作出的决定接受旁人的洁难。而且在一些他本人就可以处理的小事上，他也需要浪费大量时间与委员会商量。鲍林还说，他对于不给他实验室主任一职极为不满，因为尽管对外人来说似乎这无关紧要，但是在他领域里的其他科学家眼中，这个头衔具有实际的重要性。工资问题也相当重要，因为他现在的收入比其他系主任的工资要低得多。
韦弗觉得鲍林的话有理有据，他开始对这位青年学者产生了一种新的敬重。接着，鲍林又让韦弗看了自己在8月10日写的拒绝信，要他坦率地说出自己的看法。韦弗读了一遍，说这封信“语调生硬，甚至有些厚颜无耻”。他告诉鲍林，与行政委员会的成员相比，他还太年轻；提他为系主任表明理事们对他非常信任，可以说是对他的一种恩赐。他的答复不仅没有感谢这种荣誉，而且没有给出他这一决定背后的理由。看上去似乎鲍林把系主任一职又扔回到他们的脸上。这是一种羞辱。所以毫不奇怪，他们让他干等着。那天晚上，韦弗在日记中写道：“鲍林似乎心说诚服地接受了我的批评，并沉痛地表示自己犯了一个大错。”
在教训了一方之后，韦弗开始和另一方理论，告诉密立根鲍林的忧虑以及对化学系的计划。他说，这个年轻人在长时间的等待中仍保持了清醒的头脑，这难能可贵，而且鲍林对于洛克菲勒基金是十分重要的。他请求密立根能够理解。
在韦弗回到纽约之后，密立根和鲍林开始对话，意在确定一种双方都能够满意的体制。在诺伊斯去世几乎一年后的4月份，鲍林将好消息通知了韦弗。“在与您谈话之后，我找到密立根教授，决心消除我们之间的隔阂。我们没费什么功夫就达成了共识，我相信每个人都会满意的。”鲍林当然是满意的。他将保留系主任和系务委员会主任的头衔，他的工资将提升到9000美元。
在别人的忧惧惶恐之中，鲍林顺利地担当起了系主任的角色，这主要应该归功于他沿用了诺伊斯的行政管理体系，并把主要的精力放在了自己的科研工作上。作为系主任，他需要抛头露面，外出旅行，讲演，提高学校的知名度，并吸引大笔的赞助。其他的一切事务都委派别人去做。他说：“作为行政管理人员，我出于某种原因，养成了把几乎所有事情都交给别人去办的习惯。”他让自己以前的研究生斯特迪文特当了自己行政方面的助手。这一选择十分正确，因为斯特迪文特务实、果断——他负责化学系的仪器车间，在日常行政事务之外还设计并制造了一些精密的化学仪器设备——在一个教授的记忆中，他是“我所认识的人中最能干的一个”。
大多数其他的日常决策都由系里的一些常设委员会来制定。甚至连新的系务理事会机构这样一个棘手的问题，也非常容易地解决了：对任何新教师的录用或是别的重大决策，鲍林并不采取所有教师投票的办法，而是通过小范围的投票来解决。在此，鲍林同样显示了他的才干：在投票之前，鲍林都会先去试一试水温，通过非正式的谈话达成一致意见，这样就避免了许多公开的争论。教师会议简短有效，多数教授喜欢这种形式。
在获得系主任提名后的几个星期，鲍林在给一个朋友的信中写道：“非常感谢你关于我的新职位的来信。我不知道将来会怎么样，但是到目前为止事情并没有朝坏里发展，因为除了在一些最无关痛痒的事情以外，我都成功地逃避了任何责任。”
关于鲍林“独裁”倾向的忧虑看来是言过其实了。也许全系的科研重点有所转移——诺伊斯偏好的是无机物理化学，而鲍林注重的是新的生物有机化学——但是教师们很快就意识到，不会发生什么大的变动。系里的生活平稳、和谐地延续着，至少在表面上看来如此。
只有少数例外。托尔曼，作为诺伊斯的好朋友，客客气气地和鲍林保持着距离；在客套之外，他们的关系再没有热络起来。另外一个是唐·尤斯特，一个固执己见、独来独往的无机化学家。鲍林记得他“有些跟我作对”，也许是因为尤斯特对化学系的重点偏离自己的领域心怀不满，也许是因为鲍林对上回尤斯特没能找到他所预言的氙化合物仍耿耿于怀。尤斯特在加州理工学院一直呆到退休，经常和鲍林对着干，在系里的许多决策中他是唯一的反对票。他也不刻意隐瞒自己对鲍林的敌意，有时候发展到两人一句话也不说的地步。
除了这些偶然事件外，加州理工学院化学系在鲍林的领导下不仅生存了下来，而且进一步壮大。两年之后，鲍林骄傲地向韦弗报告说，化学系的研究生数目从25个增加到了45个，博士后的数量也翻了一番。学生们拥向加州理工学院，不仅因为诺伊斯创建了一个强大的化学系，而且因为现在鲍林是掌门人。他以自己的化学键和分子结构思想推动着化学的发展，在前面领路。30年代中期的一位研究生维纳·舒梅克说：“许多学生是因为听说过鲍林的名字，所以才到加州理工学院来。他也没有让任何人失望。他总能创造一个接一个或大或小的奇迹。”理查德·诺伊斯，依利诺伊大学化学系主任的儿子，在30年代末本可以到任何一个研究生院去学习，然而他选择了加州理工学院，因为它“欣欣向荣，……是世界上学习结构化学的最佳场所。”那时候，鲍林的学生，所有化学系的学生，都觉得自己是一个精英集团的一分子。鲍林的过人智慧和个人风格造就了这种特殊感。他并不隐身于办公室，只有在研讨会发言或者主持会议时露露脸。他现在不必担心自己牢固的地位，时常在走廊里走动，把脑袋探进实验室，和任何一个碰见的人聊聊天、开开玩笑。新生原来以为会遇见一个拒人于千里之外。令人肃然起敬的伟人，然而却发现他友好、随和，而且异常年轻——他只比多数研究生大十岁——他询问他们的兴趣，倾听他们的想法，坦率地谈论自己的看法，而且最令人惊奇的是，他能平等地对待他们。他邀请学生和博士后到自己的家里听唱片，吃早点，在感恩节共进晚餐。有时，他们还替鲍林看孩子。他率领他们到沙漠去野营。鲍林的风格随意奔放——西部风格——与别的总是以先生或教授称呼的化学系大异其趣。在加州理工学院，在鲍林的轨道上，真实、创新、领先的化学既令人兴奋，又让人感到充满了乐趣。
系主任一职在鲍林身上也产生了一种中和的作用。爱娃有了鲍林新的工资作后盾，更加刻意地将他打扮得符合他的新职务。她为鲍林买了更加昂贵的西服，把他打扮成加州理工学院的时装模特儿。鲍林在讲课的时候也不再斜依在讲台上。与路易斯在一起时，两人也更加班配，令路易斯欣喜万分。
鲍林浑身是劲。在36岁的时候，他在自己选择的领域中成名，领导着世界上最强大、最有影响的化学实验室。他靠自己的努力取得了这一切。他非常高兴。
这种情绪洋溢在他的脸上，渗透在他走路的姿势里。从他的一位助手埃迪·休斯在30年代末拍摄的家庭录像中，我们可以看到鲍林和朋友们在威尔逊山上，低着头，两手背在身后，陷入沉思，也许在思考着一个化学难题。但是没有紧张的感觉；他自在地溜哒着，四肢放松，怡然自得。一般的科学家总是一本正经的，即使在最放松的时候，也让人觉得有些滑稽。然而只要相机一转向鲍林的方向，他马上会咧开嘴，脸上绽放出灿烂的笑容，活像一个钓到大鱼的中学生。这笑容已成为鲍林的“商标”。
科里
在等待系主任职位的一年中，鲍林没有停止旅行、演讲、教学，他以令人瞠目结舌的速度发表了一篇又一篇的学术论文，几乎每三到四个星期就有一篇：对于血红蛋白更进一步的磁性研究，对于有机和无机分子结构的更广泛的涉足，关于染料色彩的新理论，还有对金属结构的新认识。他与布莱特·威尔逊合着的量子力学教科书出版了。他还计划写一本关于自己的共振理论在有机化学上应用的书，并且与自己以前的一位学生韦兰德已经完成了几个章节，但是在其他琐事的压力之下，这本书最终没有能够完成。
然而，他的首要目标是解决蛋白质的结构问题。他开始在几个层次上同时着手。阿斯特伯里在1937年5月访问了帕萨迪纳。他同鲍林进行了探讨，并给他看了角蛋白一些最新的X射线照片。两人在蛋白质是一条长链这点上意见一致，然而对深层结构产生了分歧。鲍林说：“我当然了解利兹的阿斯特伯里有关角蛋白结构的文章——毛发、兽角、指甲等等。但是我知道阿斯特伯里的观点是错误的……因为我们通过简单分子的研究获得的键长、键角和氢键结构的知识足以让我们推翻他的观点。但是当时我还没有找到正确的答案。”
同伯纳尔和其他的英国蛋白质X射线晶体学家一样，阿斯特伯里试图直接通过复杂的X射线衍射来解决蛋白质结构的问题。鲍林仍然喜欢他在研究硅酸盐矿物时十分奏效的随机法：尽量获取有关物质大小和形状的数据，推断将其结合在一起的化学键形态，运用以上信息制作精密的模型，然后检验这一模型是否符合X射线数据。
他决定对角蛋白也采用这一方法。角蛋白是由氨基酸构成的，但是令人遗憾的是，对于这些相当复杂的分子，没有像样的X射线结构分析。鲍林认为，即使没有理想的结构数据，他对于相关分子的认识也足以让他推测出氨基酸是如何互相联结在一起构成阿斯特伯里的阿尔法角蛋白的。鲍林的假设中很重要的一条是基于他从前的一种观点，即肽键具有相当程度的双键特性，这样就限制了其两侧原子的转动，使它们处在同一个平面上。这一认识，加上对氨基酸大小的基本概念和对氢键重要性的认识，就构成了鲍林研究的起点。
1937夏天，鲍林一直被这个问题困扰着。他尝试了一种又一种氨基酸链的排列方式，以符合阿斯特伯里的X射线数据，并包含尽可能多的氢键。他试图建立一种互相纠结在一起的平面带状结构，就像阿斯特伯里提出的那样；但是不管他怎样排列，都无法满足x射线的数据。他试图将结构设想成是三维的；但还是不行。主要的问题是，阿斯特伯里的数据显示在氨基酸链上，每隔5。1埃（一埃等于一千万分之一毫米）将会出现一个重复的构造。鲍林的模型无一能满足这一条件。
到了9月份，鲍林放弃了努力。也许他对于氨基酸构造的设想是错误的。也许他从别的分子结构中借用的键长和键角不适用于蛋白质。也许肽键不是平面的，而可以扭曲。也许他对于氢键的认识是错误的。
只有通过精确地确定单个氨基酸的结构并确认它们互相联结的方式才可能回答这些疑问。鲍林已经让一个研究生加斯·埃尔布莱希特培养供分析用的氨基酸晶体。但是仅靠一个研究生的才能是远远不够的：氨基酸比用X射线分析过的任何有机分子都大得多，复杂得多——甚至连甘氨酸，最简单的氨基酸，也含有排列复杂的十个原子——而且成功需要远见、技巧以及多年的辛勤劳动。他上哪里去寻找这样一位既有技巧又有毅力的人呢？
命运将身材瘦削、其貌不扬的罗伯特·科里带到了鲍林身边。科里是全国为数不多的精通蛋白质晶体衍射的科学家之一。1924年他在康奈尔大学获得博士学位，接着在洛克菲勒医学研究院协助拉尔夫·威科夫用X射线来分析从豪猪刺到结晶血红蛋白的形形色色的蛋白质。当威科夫的实验室由于机构调整被取消后，科里拿到了一年的工资、从威科夫那里要来的所有仪器和一封推荐信。1937年4月，鲍林收到科里的一封信，询问能否自带仪器和薪水到帕萨迪纳来工作一年。鲍林当然不会反对，但是告诫科里说，很有可能没有足够的经费永久性地雇佣他。
当鲍林遇见科里时，他可能有些迟疑。科里看上去不止40岁，身材瘦长，头发稀疏，留着一撮胡髭。他小时候患过严重的小儿麻痹症，没能很好地恢复；他的腿瘸得厉害，要靠拐杖才能走路。他性格腼腆，超过了鲍林喜欢的程度——鲍林后来说他是“一个没有脾气的好人”——但在交谈了一会儿之后，鲍林就发现科里对X射线晶体学了如指掌。科里还有另外一些特殊的品质：他含而不露，实际知道的比他说出来的要多得多。他告诉鲍林，他已经开始对甘氨酸结构作第一步研究。鲍林后来回忆道：“他和我共同决定，他将研究确定某些氨基酸晶体和简单的缩氨酸的结构。”接着他更正了自己的说法。“说是他和我共同作出这一决定并不正确。很有可能他早已下定了决心，只不过他巧妙地让我同意了他的观点，让我觉得这是我们共同的决定。后来我了解到他精于此道。”
两人从此将开始一段长期卓有成效的合作。
绝对正确的帕萨迪纳研究
科里来校后不久，鲍林就接受了康奈尔大学的邀请，以乔治·费希尔·贝克讲座主讲人的身份前往康奈尔大学作为期4个月的访问。这一身份具有崇高的声望，讲课人要对某一专题举行一系列讲座，并由康奈尔大学出版社作为贝克系列丛书中的一种出版。鲍林选择的题目是化学键的本质。他在9月底和爱娃一起来到了伊萨卡，将孩子们——12岁的小莱纳斯，6岁的彼得，5岁的琳达和3个月前刚刚出生的爱德华德·克莱林——托付给朋友们照管。他们住进了康奈尔大学的泰鲁菜得楼。爱娃庆幸自己能够暂时摆脱一帮孩子的纠缠，这也是他俩十年前第一次去欧洲之后她和丈夫单独在一起最长的一段时间。鲍林夫妇尽情享受这段美好的时光，出席招待会和晚宴，还不时到纽约去听一场最�