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到了1949年，任何人都已不敢与哪怕只是带有一丝左倾的组织发生任何牵连，就是在这种情况下，鲍林仍然这样写道：“作为个人，比如像我，必须学会与共产党人和睦相处……我几乎不认识任何被确认为共产党员的人；但是我确实属于一些被称为是共产党阵线的组织。我亲眼目睹这些组织的成员是如何亲密无间，对此我深感兴趣……我从自己的亲身经历中受到鼓舞。假如说，这种现象确实代表了共产党人和非共产党人之间的亲密合作，那么，我就有理由相信，通过建立一个有效的世界政府，世界各国人民最终将发现实现和睦共处是可能的。”
美国自由主义左翼政治团体不断萎缩的时候，也是鲍林在美国的地位和知名度不断提高的时候。他成了残余的左翼分子的护卫者，一位敢于直抒己见的德高望重的科学家。他经常在各种呼吁书上签名并发起各种集会，成了一个引人注目的公众人物，以至于每当一个组织要寻求一个名人来支持某项自由主义行动的时候，都会向鲍林求助。英国主教约翰逊来美国访问时，尽管鲍林倾向于无神论，他还是受人之托帮助组织欢迎活动。约翰逊主教是英国共产党员，被报纸称为“坎特伯雷的红色大主教”①。对他的访问，美国右翼分子纷纷表示抗议，百般加以阻挠。鲍林却不顾这一切，在欢迎约翰逊主教时仍然和他握手，此事被很多报纸广泛报道（然而跑林失望地发现这位红色教长不过是一个古板的老传教士而已）。鲍林发起组织全国性的会议以讨论公民自由权力遭到的侵害，反对政府驱逐外国人的歇斯底里狂潮。他捐款给保卫希斯②基金会，公开反对政府对在纽约受审的十一位美国共产党领导人的迫害，还在洛杉矶的群众集会上呼吁大家“与专搞政治迫害的人和散布共产主义恐慌的人进行斗争”。
①坎特帕雷是英格兰肯特郡的一个区和城市，在英国圣公会体制中，坎特怕雷大主教是全英格兰的首主教。
②希斯（Alger Hiss，1904—），美国国务院官员，1948年曾被美国共产党员的钱伯斯（W。Chambers）指控为华盛顿特区共产党间谍网成员并且向苏联提供过国务院机密文件，后因伪证罪被判刑5年。
效忠制度令人讨厌，造成的后果也十分严重。1949年春天，鲍林与他的母校（当时已更名为俄勒冈州立大学）校长之间发生了一场争论，起因与鲍林以前的学生拉尔夫·斯皮策的忠诚审查问题有关。斯皮策在俄勒冈州立大学教化学，他的合同每满一年就要续签。这年校长斯特兰德决定解雇斯皮策，理由是他曾向某科学杂志写信，说美国科研人员在攻击苏联遗传学家T·D·李森科之前，最好先读一读他的原着。但是，斯皮策相信，解雇他的真实原因是院长不喜欢他支持华莱士的立场，不赞成他在学生中推动进步运动的做法。于是，他决定抗争，从而引发了一场小小的争论。斯特兰德拒绝重新考虑解雇他的决定，因为“斯皮策热衷于党派活动”，“他和妻子在校园里为苏联进行宣传”。当地报纸支持校长，声称“对于渗入教师队伍的赤色分子和外来同党必须像消灭白蚁一样加以清除，不准他们在校园里毒害青年”。后来，华莱士对解雇事件表示抗议，全国性的报纸以醒目标题予以刊登。斯特兰德立即反击，指责华莱士是“不诚实的赤色分子”。当鲍林以校友和美国化学学会主席的双重身份向斯特兰德写了一封语气强硬的抗议信后，他又立即应战。“你采取这样的立场是完全在我意料之中的，”他在一些给鲍林的信中这样说道，“如果说，由于这一事件使俄勒冈州立大学失去你的尊敬和支持，那么我要说的是，你将为此付出沉重的代价。失去了你的帮助，我们照样能活得很好。”斯皮策只得向美国大学教授协会求助，但教授协会害怕被人说成“颜色偏红”而拒绝帮助他。斯皮策最终为了能在化学界觅得一个职位，只得放弃专业，离开家园，到加拿大去另谋生路。
同时，在离鲍林家较近的加利福尼亚大学，校务委员会在1947年春季宣布对雇员实行新的效忠宣誓制度。在众议院非美活动调查委员会所作的调查报告的大肆渲染下，公众认为该校的伯克利原子研究中心庇护了赤色分子，因此校务委员会急于想通过此举扭转自己的形象，同时也是为了赶在议会通过更为严厉的效忠宣誓法案之前抢先行动。按校方的计划，每个教师都要书面保证自己不是共产党员。
尽管多数教师对此表示服从，仍然有一些教师拒绝签字。经过校方与教师的多次谈判，拒绝签字者逐渐减少，最后只剩下少数几个人坚持不公开个人的政治观点而拒绝签字。校方以违规为由将他们解雇。其中有一个是鲍林以前的学生奥高曼，他被解除了在圣巴巴拉分校的教职。奥高曼是一个业务熟练的化学家，但他找不到合适的工作，被迫在一个牧场当了一年之久的雇工。鲍林尽力给予帮助，为他写热情的推荐信并给他鼓励，但奥高曼的职业生涯还是无可挽回地被耽误了。
斯皮策。奥高曼和其他一些因为自己的政治信仰而失去工作的科学家，先后找到鲍林并向他诉说反共运动对他们的迫害。看到那么多人的科学生涯被效忠制度所毁灭，鲍林更加增强了与之斗争的决心。对凡是受到政治迫害而来求助的人，鲍林总无一例外地给予帮助。他本人并不招聘这些人——他在选择自己的研究人员时非常小心，唯恐招聘政治上有争议的人会被理工学院董事会否决——但他确实利用自己作为美国化学学会主席和著名学者的影响力写了许多推荐信，帮助这些人找工作。然而，这种努力收效甚微。一旦哪个研究人员，特别是刚工作不久的年轻人，被认为是威胁国家安全的危险分子，或者经效忠制度审定为需特别防范者，或同情共产党的嫌疑分子，那么大多数学校和研究机构都会拒绝聘用他们。因为雇佣这些人得冒很大的风险，特别是对那些接受联邦资助因而受到效忠制度制约的机构更是如此。而在战后，绝大多数大学研究机构均属于这种性质。这一形势与当时电影界被列入黑名单的作家和导演所面临的情况相仿，只是在科技界涉及到的人更多，而却较少为人所知。被列入黑名单的科学家中，少数人在私人企业的实验室里找到了工作，而其他一些人，几十个，几百个，也许上千个，无人知道确切的数字——只得放弃努力。
只要有机会，鲍林总要公开批评效忠宣誓的制度。1949年5月，他参加了美国公民自由协会在洛杉矶组织的一次关于学术自由的小组讨论会。面对众多记者，他公开声明反对以任何理由解雇教师——除非他不务正业，仅因某人是共产党员而把他解职是缺乏充分理由的。《洛杉矶时报》随即在一篇社论中攻击鲍林的立场，断言“没有人能够身为共产党员而又同时贯彻学术自由”。《帕萨迪纳日报》的标题是“鲍林庇护赤色教师”。
1949年秋季，鲍林宣布他将组织和率领美国代表团出席在墨西哥城举行的有争议的美国大陆争取世界和平大会。出席大会的代表来自西半球各国，会议内容是讨论美国和苏联之间日益紧张的关系，这次大会很快被指责为是由共产党人发起和组织的，后来的事态也确实证明这种指责是正确的；但是这种指责对鲍林夫妇并没有产生影响。他们喜欢墨西哥城——爱娃热爱世界各国的民间艺术，花费了很多时间在市场上搜寻能够丰富自己收藏的工艺品——但觉得此次会议索然无味，充斥着庇护苏联、攻击美国的冗长发言。轮到鲍林发言时，他采取了自己惯常的讲话风格。他的主旨发言既包含社会主义者典型的反帝言论——“我们看到世界上一些国家正致力于推进垄断性的工业扩张计划和建立经济帝国，在这些富裕和强大的邻国的经济压力下，弱小国家被迫放弃自己的国家主权，”又包含对美国和苏联两国执行的限制自由、积极备战的政策所作的意味深长、不偏不倚的谴责。与会者没有听到预料中的又一篇单方面谴责美国伦的讲话，对鲍林的发言反响平平。
除了政治迫害以外，引起恐惧的因素确实很多。墨西哥城大会后三星期，苏联宣布原子弹试验成功。再过了一周，即1949年10月1日，中华人民共和国正式成立，世界上人口最多的国家被置于共产党掌管之下。
是年秋季，冷战全面开始。美国的政界人士竞相活动以便从冷战中获取最大的好处。共和党责难民主党人主持的国务院措施不当以致“丢失中国”，原因可能是政府内部有一小撮颠覆分子，由此掀起了一场内部清洗运动。国务院内最后一批新政分子被清除了出去，美国的外交政策进一步向右转。
苏联的原子弹更加使人胆战心凉。原子弹试验的强光一闪，似乎美国的核保护伞——美国人用以抗衡苏联重兵的唯一手段一下子破裂了。其实，人们忘记了多年来美国的原子科学家对人民的不断提醒：苏联拥有原子弹只是一个时间问题。冷战斗士们坚持认为，这里面有间谍活动，必须把原子弹间谍搜寻出来。媒体更是推波助澜，大肆渲染各种谣传。一时间，对赤色分子及其同情者可以任意指责并罗织各种罪名。
到1950年的时候，随着世界上事态的发展以及国内反共潮流的高涨，大多数自由主义者转而接受一套新的、更加“强硬”的信条。然而，鲍林却依然故我，既不改变自己的主张，也不调整宣传自己主张的方式。他坚持说，中国人有权决定治理自己国家的方式，包括必要时通过革命来实现自己的选择。他坚持说，苏联的原子弹不是一种威胁，而是“对全世界人民的一次警告，有利于推动各国政府通过联合国组织恢复谈判，以便对原子能技术建立一套有效的国际监控机制”。
更多的人从原来的立场上退缩，鲍林则成了众矢之的。加州特尼委员会保存的有关鲍林的案卷越来越厚，里面满是他关于原子弹和公民权利讲话的剪报，其中很多来自共产党报纸。例如，作为特尼委员会重要情报来源的《工人日报》，对于鲍林发表的每次演讲和参加的每次抗议集会，都要在显著版面加以报道。到1949年下半年，特尼委员会已把鲍林定性为“加利福尼亚煽动分子”的领导人。
联邦调查局和反共报纸也充分利用了这份鲍林档案。鲍林的名字经常出现在右翼势力编制的赤色嫌疑分子的名单中。然而鲍林对这一切都置之不理，他顽固坚持独立立场，我行我素，并坚信自己是正确的。
注意分寸
然而，加州理工学院院长杜布里奇却不能置之不理。杜布里奇的父亲来自中西部，是基督教青年会的体育教师。按照一位科学史专家的说法，杜布里奇是一个“生活简朴、精力充沛和一味渴望从事重要工作”的人。他相对比较年轻——与鲍林年龄相仿，身材瘦削，长着一副娃娃脸，擅长募集资金，有出色的行政管理能力，与华盛顿方面有着密切的联系。他的自信心甚至可与鲍林媲美。举例来说，谈及他在大战期间指导的雷达实验室取得的成就时，他常挂在嘴上的一句话是：“原子弹仅仅结束了战争，而雷达却赢得了战争。”
杜布里奇在锣鼓声中来到了加州理工学院，立即全力投入了使学院现代化的工作中。他首先向学院过时的行政管理机构开刀，解散了鲍林在其中担任重要职务的教师一董事联合委员会，代之以相互独立的董事会和系主任委员会。对鲍林来说，这既是一件憾事，又是一件幸事。一方面，鲍林自战后在学校里的影响力被削弱了，但另一方面也使他摆脱了大量他所不喜欢的行政事务。杜布里奇大力精简机构，改造密立根过时的工资体系，几乎使每个教师都长了百分之三十的工资。他的这一举措深得人心。正如理工学院一位化学教授回忆时说的，这是学院“黄金时代”的开始。
鲍林却对此不置一词。他从20年代起就认识杜布里奇，当时这位青年物理学家以国家研究委员会成员的身份到理工学院访问工作了两年。两人的关系说不上密切，但相互称呼时可以略去姓氏，在社交场合经常见面，各自都仰慕对方的学识。
然而，在杜布里奇到理工学院任职后不久，两人之间原有的一点感情却开始冷却起来了。鲍林与新院长就是合不来。其中部分原因可以归之于学校建设方面的分歧。杜布里奇是物理学家，在老朽的密立根的领导下，理工学院物理系已经失去了原先的领先地位，因此他投入大量的精力和经费来重振物理系。他对化学系，特别是对鲍林的学科建设方向不太满意。也许密立根和许多年长的校董们已经告诉他关于鲍林在诺伊斯去世时的不当行为，也许新任院长已经与托尔曼、尤斯特和其他诺伊斯时代的老教授们谈过话，这些人对鲍林竭力发展化学生物学的做法不满，认为鲍林的个人迷恋使化学系远离了它在物理化学方面的根基。大家觉得鲍林努力争取资助的目的仅仅是为了他所珍爱的那些项目，而化学工程和无机化学得益甚少。杜布里奇也许还听说了鲍林在免疫学研究和试制人工抗体方面进展缓慢的议论。
因此，尽管杜布里奇在公开场合称赞鲍林和比德尔用化学生物学方法研究生命分子基础的宏伟计划为“国内最重要的研究项目之一”，在私下对此项目却持冷漠态度。有一次鲍林给他写了一封热情洋溢的信，谋求把学校得到的一大笔遗赠用于癌症的基础研究，而杜布里奇的第一反应却是要首先确保物理化学和化学工程的拨款。鲍林很快就明白杜布里奇对他并不完全信任，于是两人之间的关系变得冷淡，甚至疏远起来。
政治也是影响院长和化学系系主任关系的一个因素。尽管杜布里奇在共和党家庭中长大，但他自认为是一个自由主义者。他竭力反对梅—约翰逊法案的早期版本，支持原子科学家联合会传播原子弹信息，公开反对各种政治迫害，通过这些实际行动，他表明了自己的政治立场。他像鲍林一样致力于和平事业，认为科学家可以为实现世界和平发挥作用。他在1947年就任加州理工学院院长时发表的就职演说中这样说道：“虽然科学家主要不是做政治家、社会学家、军队将领或宣传家的工作，”但是，“如同每个普通人一样，科学家和工程师担负著作为一个有用的社会成员的责任……他们应该对自己熟悉的每个问题发表意见，包括与其他公民携起手来共同致力于世界和平事业。”
这些话鲍林听来非常顺耳。但是，杜布里奇具有高超的人际工作能力，其政治手腕也因此而比较圆滑。作为院长，他必须周旋于各类人物之间，包括保守的校董、自由派教授以及各级政府官员和科学顾问等。他在其间游刃有余。他变成战后那种所谓的知情科学家的典范，无论在教室、会议室、实验室，还是在政府的办公室，他都能应付自如。在他看来，必须有一些规则，即便不是明文规定的也好，来指导科学家的政治活动。在战后的那几年里，美国公众对原子弹的巨大魔力感到惊讶不已，对国家安全的一系列问题充满忧虑，对发展武器的各种技术细节也十分关心，他们希望科学家给予回答。一时间，科学家被认为是高智力的超人，他们的意见受到特别的青睐。
杜布里奇认为，科学家还承担着一种他称之为“特别的责任”。他就任院长后不久在一封致全体教师的信中写道，学校不会对科学家作为公民发表个人意见的权利进行限制，这不是学校所管的事；但同时告诫他们应该努力做到准确和公平，并且要“注意分寸”。特别要注意不能把个人意见与学校立场混为一谈。如果一个教师能够遵守这些原则，那么，他写道，“学校将保护他在言论。教学和科研方面的自由权。”
这里的关键词是“注意分寸”。在冷战发展到极端的情况下，广大科学家将“注意分寸”理解为“保持沉默”。到1949年，科学家像其他人一样，对任何可能被认为左倾的政治活动都尽量回避。尽管没有经过公开讨论和正式成文，大多数科学家都努力遵守以下几条规则：只在华盛顿咨询系统内开展政治活动；只占用极少的时间进行政治活动；只在自己的专业范围内发表评论；只发表和风细雨式的意见。只要遵循这些规则，那么科技界与政府、公众之间就能保持和睦，经费就会源源而来。
按照杜布里奇的标准，鲍林是一个不讲分寸的人。杜布里奇显然也耳闻了这种情况。早在1946年，理工学院的重要校董、具有保守倾向的联合钢铁公司执行副主席泰勒就对鲍林表示不满。杜布里奇就任院长后刚一个月就收到了泰勒寄来的一份剪报，内容是由一批人签名的支持华莱士的广告。他在签名者中勾�