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四月二十六日，这一地区的地质情况开始发生变化。稀疏的小玄武岩砾石没有了。出现的是更坚硬的石块，然后是一整座玄武岩地台，河水就是穿过这种玄武岩块流动的。玄武岩的厚度显著增大。达尔文认定，河水是在海底上升到地面后，在原来海湾的地方，为自己开辟一条通道的。“贝格尔”号的船员们接着就进入了石隘口地区，这里有几个罕见的喷泉。河流逐渐变窄了，拖拉船只的劳动愈来愈艰苦。陡峭的河岸的悬崖上有大量兀鹰，这是一些巨大的猛禽，它们的翅膀从一端到另一端几乎有二米半长。二十九日，科迪列拉山脉的一群雪峰出现在地平线上，开始碰见大量斑岩砾石，达尔文认为，从前这里是大海时，这些斑岩砾石就在浮动的冰块上被冲来了①。五月五日旅行者们开始返回，途中用了三天时间，因为他们是顺流而下。经过的地方都特别凄凉和寂寞，所以达尔文在《航海日记》中写道：“除我以外，大家都各有各的不满意的理由”。
①砾石如此远距离的转移现在都是用冰川的活动来解释的，而这些冰川所占的空间要比现在的冰川大得多。
五月十二日，“贝格尔”号再次出海。这是一个狂风暴雨的天气，现在达尔文也有不满意的理由了。他在日记中写道：“我由于害病而倒了霉”。
“贝格尔”号结束对南美洲东岸的旷日持久的测量工作，经麦哲伦海峡向西岸驶去。六月八日，旅行者们驶进了不久以前发现的马格达累纳河，并经马格达累纳河来到塔尔纳角，那里的岩石、冰、雪、风、水令人望而生畏，不过到了早晨，覆盖着一层雪的萨尔明托山的壮丽景象又显露出来，山麓下有着一片片阴森的树林和一条条通向海边的冰川。“贝格尔”号沿着狭窄的海峡迂回行驶，于六月十日从两大悬崖——东符里岛和西符里岛——之间进入太平洋。达尔文写道：“一个居住在陆地上的人，只要看到这样的海岸的形状，整个星期都会想到翻船、危险和死亡，因而忧心重重”。达尔文就是带着这种印象与火地岛永别的。
“贝格尔”号的船员们，在离开火地岛时，曾希望躲开这种对火地岛来说已司空见惯的风暴。六月二十八日，“贝格尔”号停泊在奇洛埃岛上的圣卡尔洛斯港。奇洛埃是一个山峦起伏的大岛，处处覆盖着密林，生长有常绿树木和热带植物，经常刮着来自海上的风并带来大量的雨水。岛上和睦而又勤劳的居民是由具有印第安人的血统的混血人种组成的，他们使用最原始的工具来开垦土地和磨碎粮食。居民主要吃鱼、马铃薯和猪肉，栖身于清除掉树林的海岸上。圣卡尔格斯是一个居住很分散的小村庄，村中房屋的四壁和屋顶都是用松木板构造成的。
七月十四日，“贝格尔”号离开了这一处潮湿多雨的地方，向智利的主要海港瓦尔帕来索驶去，七月二十三日到达该港，并停泊在那里。在离开火地岛和奇洛埃海岛之后，瓦尔帕来索的气候使达尔文大为赞赏。城市也很美，由一条长街组成，它座落在一排特别鲜艳的红壤土大山丘的山麓旁。远处显现出山峦起伏的科迪列拉山脉的轮廓和圆锥形的阿康卡瓜火山。达尔文在这里遇见了老同学和老朋友李察德·科尔菲德，感到万分高兴，达尔文就住在他家里。
应当认为，经过艰难困苦的海上奔波之后，能够稍事休息，对此达尔文就已感到心满意足了。“在南方雾气弥漫的阴沉气候里长期航行之后，呼吸清新的干燥空气，享受美好的暖和天气，品尝有味的新鲜煎牛肉，乃是人生最大的幸福”。（达尔文一八三四年六月二十四日给汉斯罗的信）。此外，毫无疑问，他也怀念起故乡、朋友和剑桥自由自在的生活来。看来，菲茨·罗伊不大招人喜欢，舰长与达尔文在政治上存在的分歧，大概使他们的关系有点紧张。至少，向来不动声色的达尔文在给剑桥朋友们的信中，有时在字里行间流露出对舰长辛辣的讽刺语气。这是多么不一样啊！达尔文与剑桥的同学的关系是多么的友好、多么的真诚啊！是的，这些朋友几乎把他忘了，而且也看不出这些朋友对他想与之通信的想法能作出反应，但他给他们写的信是多么的诚恳和亲切啊！他回忆起剑桥大学的游览和印象，大学生活中的一些可笑的或有趣的事，并竭力使他们对自己旅行中的一些事件感兴趣。
如果看不出达尔文的老同学们有乐意回他的信的愿望（稍晚，他收到福克司一封十分亲热的信，使他深受感动），那么对他的挚友，博物学问题方面的导师汉斯罗就不能这么说了。达尔文象以前一样曾期待得到他的帮助，期待他对他的搜集工作给予有益的建议和批评。达尔文所收集的一切搜集物都给他寄去了。用达尔文的话来说，汉斯罗的住所成了这些搜集物的“大本营”。不过汉斯罗的信有时一年，甚至更长一些时间还到不了达尔文的手里，这一点在“贝格尔”号经常航行和难于事先知道停泊地点和时间的条件下是毫不奇怪的。达尔文特别焦急地等待着汉斯罗对他在一八三二年八月从蒙得维的亚寄去的有关他的搜集物的一些询问的复信。汉斯罗是怎样对待达尔文的搜集物呢？汉斯罗会不会说他所收集的搜集物太少了呢？而他却在大量研究地质学，并试图弄到圣地亚哥的每一种不同的岩石标本！有谁会尝试在炎热的太阳下比他搬来更多的岩石！而“当他一无所知的时候”，他该怎样在热带森林中对陌生的植物进行采选呢？他与其说是关心所收集的动物形态标本的数量，不如说是关心把标本保存得更好些，标出并记下标本的自然形态和颜色，而不局限于采集的时间与地点，他这样做是否对呢？同年十一月，当他把搜集物连同一些珍贵的化石标本从布兰卡寄给汉斯罗后，他在给汉斯罗的信中写道：“我急于知道这些东西的处境，并急于听到对寄去的东西的数量和种类的各种评论”。
结果，对所有这些他认为非常重要的问题的答复，在十八个月之后他才收到。汉斯罗一八三三年一月十五日写的复信，达尔文于一八三四年七月二十四日才收到，而且是在瓦尔帕来索同汉斯罗于一八三三年十二月十五日（即七个月前）发出的另一封信一块收到的。达尔文总是不大相信自己的能力，由于这么长时间没有收到回信，一切全靠自己处置，于是就想象，可能由于他的搜集物非常贫乏而且没有意思，所以连汉斯罗也难于作答。当达尔文在瓦尔帕来索一下就收到汉斯罗的两封信时，达尔文是多么高兴啊！显然，汉斯罗对达尔文的搜集物所下的评语特别好，“达尔文一切荣誉感达到了最高峰”。当然，汉斯罗建议他把自己的搜集物的复制品寄来。达尔文虽然意识到这个意见是正确的，但是他辩白说，他在海上经常患晕船病，只有在特别好的天气里才安然无恙，所以不能工作太久。他写信告诉汉斯罗说：“我的笔记篇幅已很大，四大开的纸我都写满了，有六百小页左右；一半是地质学，另一半是对动物不完善的记述；对于动物，我照例是描绘那些泡在酒精中保存起来的标本中无法看到的部分或事实”。
象以前的一些信一样，达尔文在这封信中也是匆忙同汉斯罗交换对动物的各种各样的印象的，这些印象就是：关于他们以前未见过的长着摇晃的鸟头（鸟头体）和迅速移动的长线状物（鞭状体）的苔藓动物的类型，关于他们在热带潮湿土壤中发现的涂有鲜艳色彩的陆生直涡虫；关于他原来认为是水母，而实际上是一种结构极为复杂、“无法归入任何一个现存的目”的浮游动物科等等。这些报导是与地质考察，与自己游览的叙述，与对未来的展望以及对搜集物包裹的命运的关心杂乱无章地交替出现的。达尔文给导师写信说：“我在这封信中向您表达了相当大一部分利己主义，但您会想起来，在博物学方面，我把您视为我的父亲，而儿子是要向父亲诉说自己的情况的……”
达尔文进行了多次游览，有时有远途的，有时是在瓦尔帕来索郊区。极好的天气使他觉得很幸运。当然，这里的植物很贫乏；虽然盛开着许多散发浓郁芬香的花朵，但昆虫和鸟儿却很少。这是因为这里经常刮南风，而不刮海风这一情况决定的。
八月十四日，达尔文为了考察安第斯山脉的地质结构而出发旅行。他首先在西海岸上确定了海岸显著上升的痕迹。现代的贝壳在离海面有几百米高的地方出现，而有些贝壳在离海面几乎有四百米高的地方出现。发现有贝壳存在的黑里透红的土壤层原来是海里的淤泥，它里面充满着微小的海洋生物残余物。
达尔文在通往基尔奥塔河谷的归途中，翻过了契里考昆山山脉，那里溪水旁的沟壑上长着许多常绿植物，从山巅之上俯瞰基尔奥塔河谷，它座落在一群光秃秃的高山之中，景致美丽如画，还有橙子树和橄榄树果园。达尔文翻过了契里考昆山，就住在钟山的山麓之下。
智利的海岸与科迪列拉山脉间的地带，被几条与主脉相平行的小山脉分割开来。在这些山与山之间的一些窄狭平坦的盆地里，也有一些重要城市，横向的平坦的河谷把它们与智利海岸连结起来。达尔文认为，所有这些盆地和河谷原来都是海。这里的盆地和河谷的外貌当时与火地岛的地质相似，也有大量的海峡、河渠、海港和海湾。许多急流流入大海，使智利平原变得特别肥沃：那里种植着小麦和玉米，果园里栽培着桃树、无花果和葡萄。
八月十六日，达尔文雇了一名向导和几匹强壮的马匹，登上了海拔约一千八百二十米高的钟山。钟山南山坡上长着一片竹林和一些与众不同的棕榈树，树身很粗，最粗的地方是树高的一半。居民们经常取出这些棕榈的树汁作为糖浆食用。
晚上在河旁的最高处宿营。
晚上的天气非常明朗，空气洁净，在二十六地理里之内，可以看见停泊在瓦尔帕来索湾的船只上的一根根桅杆，恰似一条条细线。翌日晨，他们到达山顶，在那里呆了整整一天，往山巅之西眺望，便可看到智利，智利就象呈现在地图上那样清楚，往山巅之东眺望，便可看到安第斯山脉，该山脉有一相当平直的山脊，在雪线的左边向前延伸，只是有时被一个个孤立的圆锥形的火山中断。
达尔文的旅伴们是高楚人，他们与判帕斯草原上的高楚人明显不同，一是教养不够，二是没有高楚人所特有的那种无私的好客心。这种高楚人的外表不太漂亮，只有马刺特别大，马刺上有一个直径有六英寸的小轮子，还有用一块木头凿成的巨大的马镫，这种马镫以它奇特的形状而引人注目。
八月十八日，达尔文下山，穿过靠近基尔奥塔和圣费利佩这两个小城市的美丽如画的河谷，继续往前走。第二天晚上，他到达位于主要山脉侧面的哈胡耶尔铜矿场，在那里呆了五天。
以前智利开采铜矿的方法特别原始。在达尔文访问之前，外国人曾作了两项根本改进：一是从炼过矿的熔矿炉里，把矿渣掏出来，再加以淘洗，这就可以得到大量的金属；二是开采黄铜矿石，这种矿石当地矿工起初是把它扔掉的，尽管他们并不怀疑从中可以得到许多铜。达尔文曾指出过矿工的劳动是繁重的，而工资却少得可怜。达尔文在这里考察了矿山的地质结构，可是积雪堆和初起的暴风雪，使他不得不从旅行途中提前返回，他本来打算上山去旅行的。
八月二十六日，他又上路到智利首都圣地亚哥去，一路之上尽情观赏被大量的才落下不久的雪所覆盖的阿康卡向火山和科迪列拉山脉。翌日，他又登上了一个比圣地亚哥所在的太平原稍高的矮山岭。达尔文认为，这个平原是从前的内海的海底。
查理在圣地亚哥住了约一星期，决定绕弯继续往南走，到了波浪汹涌的马伊普河河边，河上架着一座吊桥，甚至连一个牵着一匹马的人的重量，都使它摇晃不已，要从这种桥上走过去是相当冒险的。但另一条小河卡察普阿尔河，却连这种吊桥也没有，所以不得不骑着马渡过此河，这也是件很不愉快的事情。这条河的河谷里有几处考凯纳斯温泉，因为能治病而四方驰名。
达尔文得知，这些泉水夏季要比冬季更多更热。但是夏季几乎是滴雨不下，所以这就使达尔文推测到，地下水源与在夏季里由于山上积雪的融化而形成了急流有关，虽然这些山离温泉有十五或二十公里之远。这些雪水首先渗入高温区，然后再流到考凯纳斯地区的地面上。
达尔文又渡过克拉罗河，来到距圣地亚哥以南二十公里左右的圣费尔南多。后又往西拐向大海，浏览了以浮岛著称的塔关塔关湖，这些浮岛是由各种不同的植物茎干彼此交织在一起而形成的，而在浮岛上又茂密地长出其它植物。他着手勘查金矿，为此又花费了四天时间。这里的工人都显出疲惫不堪的样子：他们必须把约五普特重的矿石从一百三十米深的地下背到地面上来。他们干着这样繁重的工作，却只吃一些煮熟的豆子和面包。他们把搬运来的这种矿石运到磨房，把它磨成细粉，然后再把矿泥排进矿池里，矿泥在矿池里沉淀。随着矿泥硬化，各种盐就在表面上晶化。一两年以后，再把它淘洗，于是就淘出黄金来。这一过程得重复好几次。
照达尔文所观察到的情况来看，矿工们得到的工资就已经够微薄的了，可是必须服劳役的农奴在这里的生活却比矿工们还要苦。
达尔文在归途中病得很厉害，回到瓦尔帕来索就完全病倒了。他在科尔菲德家一直病到十月底，在这期间，他得到自己这位同事的护理和无微不至关怀。
继达尔文患病之后，“贝格尔”号上发生了一次严重的经济危机。如上所述，菲茨·罗伊舰长为了加快海岸的测量工作，而于一八三三年在加里松那里租了两只纵帆船。他支付了租金三千六百五十英镑，指望海军部同意核准这项开支，或许海军部会补偿他这笔钱。稍后过了一段时间，他为同样目的又花费了一千三百左右英镑，买下一只洛乌船。海军部不仅不还给他这笔钱，反而寄来一封信，说它“不赞成”租船，命令“要尽快解雇所租的船只”。据达尔文看来，这是两党之争起了作用：海军“大臣”属于辉格党，而当时菲茨·罗伊却属于托利党。
菲茨·罗伊除了碰上这些不愉快的事情外，又加上疲劳过度。他的情绪非常颓丧。他已不能决定任何事情了。医生认为他应当停止任何工作。因此，韦克姆只好担负起指挥责任。海军部坚持说，韦克姆只有完成对南美洲南部的测量工作，然后才能带领“贝格尔”号返回英国。但全体船员都愿意经太平洋返回。这只有在菲茨·罗伊指挥下，根据以前给他的指示才能办到。受海军部欺侮的菲茨·罗伊大为恼怒，他不能好好地并且按他过去所希望的那样去完成对南美洲西部两岸的测量工作，所以他坚决要求辞职。
如果舰长辞职，韦克姆就会得到晋升，可是韦克姆不管这一点，他还是劝说菲茨·罗伊撤回自己的辞职书。他劝说舰长，海军部的指示，本身就是命令他有多少剩余时间就做多少测量美洲西岸的工作，然后再横渡太平洋。韦克姆警告舰长说，即使他菲茨·罗伊担任了指挥，也不会有任何力量能使他重返火地岛。韦克姆问舰长，他的辞职会有什么好处呢？如果在一定时间许可的范围内他能完成测量工作的话，然后再往太平洋去（这是全体军官和船员所希望的），不是更好一些吗？
最后令大家高兴的是，舰长被说服了，并撤回了自己的辞职书。
从达尔文给亲属的信中可以看出，“贝格尔”号上的这次危机使他多么焦急不安。当然一方面他特别怀念故乡、家庭和朋友。旅行，特别是航海旅行愈来愈艰苦，使他疲惫不堪。如果菲茨·罗伊拒绝指挥，“贝格尔”号就要被迫抄近道由大西洋返回。达尔文自然也就应该结束在“贝格尔”号上博物学家的工作，考虑的只是回去的事了。然而他头脑中却有着另外的打算。
对收集来的材料进行研究，特别是对南美洲的地质考察情况已开始形成一定的构思，都向他提出了新的任务；首先就是要对西部各海岸进行地质考察，特别是科迪列拉山脉的地质学问题。仔细观察自然景象的旅行者的最初热情，对迷人的热带风景的兴奋心情，渐渐地为考察家所具有的那种特别平心静气的浓厚兴趣所代替，因为考察家竭力要做的不仅是要尽可能多收集收集物，不仅是要记录他所观察到的现象，而且还要更好地弄懂和解释这些现象。在途中，他在菲茨·罗伊舰长藏书丰富的图书馆里，熟悉了许多南美和环球旅行的情况后，给自己拟定了未来工作、未来旅行路线和参观一些新�