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在达尔文的健康状况恶化后，虎克是唯一的在唐恩一呆就是几天，而有时一呆就是几个星期的客人。他善于使达尔文感到毫无拘束。虎克经常带着自己的著作来，并独立地从事研究。吃完早饭，达尔文把他请到自己的工作室里，和他呆上半个小时，从他那里“吸收”一些有关植物学和植物地理学方面的问题的资料，这些问题都是达尔文在钻研“物种”时积累和记录下来的，目的是征求一下虎克这个专家的意见。他还把自己的工作进程告诉虎克。然后他们就分手，直到每天沿着沙径散步的那个时间再见面；这种散步是达尔文站在虎克住的房间的窗户下专门邀请他去的。他们向前穿过花园，在那里看一看达尔文进行的某项试验的情况，以后又走上沙径，沿着沙径走完规定的圈数。他们在这里回忆各自航行中的经历，谈起老朋友们，交谈那些把他们的想象力带到远方的书籍和事物。
如果达尔文感觉身体很好，那么在散步后，他就同全家共进午餐；有时他索性坐在餐室里，同家人谈天或听音乐。
正如达尔文在给他剑桥大学的老同学赫伯特的信中所说，在唐恩过的生活真象“钟表的机器”，信中他邀请赫伯特偕同夫人到唐恩来做客，并听一听贝多芬的音乐。
我们不要忘记，在青年时期，达尔文和赫伯特曾迷恋于音乐，并且属于一个音乐小组，而埃玛是一个顶好的女音乐家。达尔文曾说过，他起初不愿意变成一只“肯特猪”，他打算每个月访问伦敦一、二次，以便出席一些学术协会会议或者同朋友们见见面。但是，由于这些旅行而引起的激动不安和健康的恶化，迫使他越来越少地进行这种旅行，他妻子在唐恩安排的舒适和安逸生活，也促使他不愿去旅行，宁愿邀请亲属和朋友到唐恩来做客。
当然，某些拜访，特别是不很认识的人的来访，使他很不安和紧张，以致他不能从事工作。但是，如果客人们来的时间比较长，他就比较平静。这就很少改变他的正常日程，他就能在一定的时间内会见客人。这个制度使他能完成自己真正的科学巨著，特别还要注意的是，他每天用在这项工作上的时间不能多于三个小时。除了虎克以外，当时最常去的客人当中还有赖尔和汉斯罗。访问唐恩的亲戚中有韦季武德一家和查理的姐妹——凯瑟琳和苏桑娜。甚至对农村和自然界没有好感的哥哥伊拉司马斯，有一回在他这里也做客两个月。查理的父亲此时已年近八旬，一次也没有到过唐恩，他只是在伦敦或施鲁斯伯里同查理见面，可儿子查理很少到那里去看他。舅父乔斯已在一八四九年去世，而他的妻子——查理的舅母伊丽莎白精神已严重失常。她由一个女儿来供养，而对查·达尔文和他的妻子有着最美好回忆的梅尔，在他们的生活中再也不会起什么作用了。
继《‘贝格尔’号地质学》第二卷之后，达尔文着手写第三卷。该卷的头两章——《关于南美洲东岸的上升》和《关于南美洲西岸的上升》——写得特别出色。在这里，对南美大陆海洋地质的详细研究合成一个逻辑性严密的整体。达尔文从东岸陆地在最新纪首先在上升度较小的内格罗河边上升的证据谈起，继而向南，从南纬33°40′到53°21′（即在一千多地理里的距离上）不断增高。沿着大陆的整个海岸，在几英尺到四百一十英尺的高度上，达尔文找到了现在仍然生活在邻海的软体动物的外壳。十分有趣的是，这些外壳分散在同一高度上走向很远的平地和阶地上。但是，在有现代软体动物生存的整个期间，陆地上升时期大概是相当长的，因为达尔文在布兰卡港和圣胡立安海湾找到的与这些软体动物同时生存的哺乳动物化石属于绝灭的物种。
“贝格尔”号考察队对围绕在圣克鲁斯河上游河谷周围的阶地所作的一些断面剖析研究，表明阶地或者平地曾存在于大陆的深处。这证明了大陆的普遍上升占有很大的空间，并且在海岸受到经常的剥蚀，海深入陆地时，这种上升时常被长期的静止状态所中断。阶地的迹象和阶地的峭壁，和现代海岸的峭壁有着同样的性质。
关于静止期间海岸的上升是不是突然的，灾变的，或者是缓慢的、逐渐的问题，被达尔文出色地解决了，这对第二种假设有利。他对沿着圣克鲁斯河入海处及在此以南到福克兰群岛的海岸的各种深度和海底的研究清楚地表明，海底的卵石随着深度和离海岸距离的增加，在数量上迅速而有规律地在减少。如果上升是突然的，我们就会看到斜坡上出现砾石的情景；但是，在那里没有发现卵石的数量有任何减少。这是同陆地逐渐地，不大明显地上升的理论比较一致的。
这样，达尔文就驳斥了著名的灾变论者道比尼所竭力证明的美洲各海岸是突然上升的观点。达尔文在《关于东海岸的上升》这一章中写道：“假如道比尼曾知道在乌拉圭附近低海岸上存在着含有无数蛤蜊和帘蛤贝壳的两列相互平行的沙丘地带，假如他在布兰卡港看到过有带有被滚磨得很光滑的浮岩卵石（这种卵石一个挨一个排列成许多平行的行列，其高度至少有一百二十英尺）的巨大沙丘；假如他在该地堡垒附近的低平地上看到含有无数沙丘和在六十英尺高的硝壁边缘上的这条长线；假如他穿过八海里宽的由一些平引沙丘所形成的长大地带（这些沙丘要比现在已不能再积聚沙子的科罗拉多高出四十——五十英尺），那么我就不认为，他能够设想，这个地区的上升是突然的。毫无疑问，为了把位于各种不同水平上的一排排沙丘积聚起来（特别是沙丘含有大量贝壳时），就需要用很多时间；因此我毫不怀疑，拉普拉塔和北巴塔哥尼亚高地上升的最后一百英尺，速度是极为缓慢的”。
在“关于南美洲西岸的上升”这一章里，达尔文几乎按照航行的顺序从南到北描绘了他的地质考察。在这里，他还指出了在更长的距离内、等于沿子午线二千多地理里的陆地的上升，在现代软体动物类和蔓足类的贝壳的上升方面，西岸从瓦尔帕来索（一千三百英尺）开始与东岸就不同，发现了很多不同的品种。在康塞普西翁，这种不同的品种在六百二十五——一千英尺处，在奇洛埃岛，是在三百五十英尺处，在科金博以及更北一些地方是在二百五十二——三百英尺处，在利马是在不超过八十五英尺处。他认为，这种不平衡性也是由于冲动力的大小和次数的不同以及地震的影响而出现的。
达尔文在引证历史上海岸的高度发生巨大变化的证据时，也指出了陆地在上升中长期停顿的可能性，甚至下沉的可能性。
《南美地质考察》的其他几章包括以下材料：一、关于含有表面沉积物的智利的地质；二、关于判帕斯层系；三、关于巴塔哥尼亚和智利第三纪层系；四、关于深成岩和变态岩；五、关于智利中部和科迪列拉山脉的构造；六、关于智利北部。这里不谈这几章的内容。因为其中很多东西都已非常陈旧了，我们只是提一提几个重要的基本倾向，这些倾向能使我们弄清楚他著述中的大量实际材料，这些材料是他非常细心地、有时甚至是他在航行时经过英勇斗争才搜集到的。
首先，我们指出达尔文为建立赖尔的新思想而进行的斗争。遵循赖尔的思想，他仔细地估计现代地质因素的作用，并且表明，地壳的形成过程是很长的，很复杂的。他证明，甚至陆地上升（和陆地下沉）基本的持续阶段有时也不是一个样的，而经常发生过程的局部延缓，有时过程停止，而有时也出现暂时相反的运动。他指出，应当如何寻找这些不同形式运动的遗迹，应当如何根据这些遗迹建立反映这个考察资料全貌的地质史。例如，他既考察了在第三纪时陆地广大地区非常缓慢的下沉，也考察了在中生代极端复杂的运动。
该书另一个特点是对岩石进行详细的考查，对矿物的产生和岩石的形成（例如在关于劈理和片理的两章）经常进行颇有创见的分析。
最后，该书第三个特点是，达尔文坚决摒弃任何具有引用圣经和宗教观念的形式的说明。例如，道比尼对各种不同高度上的和占有很大地区的判帕斯层系的形成，提出一种用洪水说明沉积层产生的理论。达尔文在对它进行细心而又详细的分析后说：“如果这种洪水理论不是道比尼这样著名的博物学家提出的，我是不会提起它的”。
可见，随着《南美地质考察》在一八四六年的出版，《‘贝格尔’号地质学》也完成了。《‘贝格尔’号动物学》完成得更早一些。第一部（《古生物哺乳类动物》，奥温编）在一八四○年出版，上面有查·达尔文写的序言；第二部（《现代哺乳类动物》，华德豪斯编，有达尔文关于现代哺乳类生态学的札记）更早一些，在一八三九年出版；第三部（《鸟类》，约·古尔德和葛瑞编）在一八四一年出版；第四部（《鱼类》，列奥纳尔德·詹宁斯编）在一八四二年出版；第五部（《爬行类动物》，托马斯·贝尔编）在一八四三年出版。
在达尔文孤独的生活中，他的通信（他竭力同他所有的通信人认真地保持通信联系）起了不小的作用。在整个研究时期，他同赖尔和虎克这两个最亲近的朋友通信最多。在老朋友当中，他同表兄弟福克司（如上所述，该人致力于家禽业）的通信比其他人要多些。福克司从事家禽业，这使达尔文不止一次地向他这个专家询问，委托他进行达尔文所需要的观察，而有时也让他出出主意。
在同福克司这样的青年时代的朋友的通信中，达尔文很愉快地回忆起他们很久以前一起散步或参观的情形。他有时也不忘记以感激的心情指出，他多么感激这些朋友，不忘记强调指出，他们对他特别明显地表现出来的友好关系，在给他的老同事和前“贝格尔”号舰长菲茨·罗伊的信中，我们发现下述几行热忱的话：“您好，亲爱的菲茨·罗伊，我时常想到您对我表示关心的许多事实，使我常常想到的是这么件事（无疑，您把它忘记了）：在我们驶向马德拉群岛以前，您来到我的舱房，并且亲手整理了我的吊床，后来我得悉，这件事使我父亲感动得热泪盈眶”。
在同虎克和赖尔的通信中，主要谈的是他们自己的著作，著作进展情况（他们时常交换清样并相互检查）的消息和在刊物上发表著作后对著作的讨论情况。在评价自己朋友的著作时，达尔文竭力称赞。但是，他不改变自己对科学的诚实态度，如果他不同意自己通信人某些论点，就提出不同意见，经常坚持自己的意见。对自然科学上的各种争论问题也可以这样说。例如，虎克断言，孕妇的感受看来会影响她的婴儿。一般来说，当时这个相当流行的意见（例如，达尔文的祖父伊拉司马斯就支持这个意见）受到达尔文严厉的驳斥。他在致虎克的信中说：“我仔细地研究了有关这个问题的零散事实，但我认为，这里无非是些偶然的巧合。亨特在产房里告诉我父亲，他曾在很多情况下，在产妇分娩前，问她们什么使她们产生了强烈的感受，而后把她们的回答记下来。他绝对一次也没有发现有什么正确的东西，即使产妇在婴儿身上发觉某种特别的东西，但后来也就认为这是由于某种感受所致”。
达尔文对他的朋友们的命运的各种变化都给予莫大的关心。例如，在虎克被提为爱丁堡大学教授候选人时，达尔文虽然表示惋惜，因为他们再不能经常见面了，但他在给虎克的一封信中展示了广阔的前程：虎克在爱丁堡将“造就”很好的植物学家，将成为受年轻学者特别敬仰的朋友和指导者，即成为对达尔文本人来说就是汉斯罗当时在剑桥时那样的人。他认为，在这种教育工作方面，虎克在科学上的事业不会遇到困难，达尔文一定会看到虎克将在“植物地理分布这非常宏伟、几乎是创造规律的主要基石的课题方面，成为欧洲首屈一指的权威”。但是，虎克没有当选为教授，他不久便成为他父亲基由植物园的助手，父亲死后，他便代替他父亲管理植物园。
达尔文得知虎克决定去参加著名的考察喜马拉雅山脉（虎克于一八四七年十一月十一日启程））后，极为关注此事。他劝虎克研究印度的煤炭区，这会成为取得英国政府的“实利主义首脑人物们”大笔政府津贴的借口。他自己想委托虎克搜集关于驯化的动物种族的资料。在虎克献给达尔文的《喜马拉雅山日记》出版后（已经是一八五四年了），达尔文非常激动，并给虎克写了一封热情的信，答谢他的献礼，对他的书大加赞扬，并称它是“第一流”的书。
一八四五年，达尔文修改后的《考察日记》第二版以穆瑞的普及本形式出版了。达尔文为他修改了《日记》，删掉了各种累赘的东西，把“关于气候，冰川等冗长的论述”压缩了一半。
另一方面，由于在这期间出版了他在“贝格尔”号旅行时写的生物著作和地质著作，因此很自然就对日记中相应地方作了一些增加，并使之更加准确。例如，在第二版中，增加了对珊瑚礁起源理论的阐述，奥温整理的关于南美古生哺乳动物形态资料更加准确了，巴塔哥尼亚高地的地质更加准确了，补充了关于火地岛人的某些内容，增补了关于按几何级数增长的论断，根据已经发现的绝灭的哺乳动物的尸体，对动物绝灭原因的论断也增补进去了。
他在这里反对用一种突然的灾祸来解释动物毁灭的“灾变说”。他认为，正象在人类消灭任何一种动物时，这种动物在没有完全消失前就愈来愈少一样，自然界中的一个物种逐渐地绝灭，可能也是由于它们的天敌在增加。一些物种经常见到，而另一些物种却很少见到，对此谁也不会惊奇。那么为什么不能设想，很少见到的某种动物就总是预示着这种动物要完全绝灭呢？达尔文的论述是用下面有代表性的话结束的：“假定说，一个物种的逐渐减少总是预示着它的绝灭，同时对于一个物种比其它物种很少见到也不感到惊奇，而仍然用某种超自然的东西来解释这一点，并在一个物种最终不再存生时才感到惊讶，在我看来，也就是这样一种假定：一个人的病预示着他的死亡，对病本身毫不感到惊奇，可是病人一死，才开始困惑不解，并且揣测，他是死于暴力。”
可是对加拉帕戈斯群岛的生物性质及其公布情况的结论却特别增加了篇幅——原因是使他在《航行日记》里作的必须承认物种变异的重要笔记是一些还不十分清楚的印象，而这些结论就是为了说明这些印象的。
在第一版《航行日记》里，达尔文只提出了少量的意见，说加拉帕戈斯群岛的生物几乎全是只有在这个群岛才有，而且同时还具有明显的美洲的性质，这“可以用创造力按同一个规律曾在广阔的空间里起作用的说法来解释”。
在第二版里，他首先利用了虎克整理的加拉帕戈斯群岛的植物标本集的成果，因为虎克详细证实了最初的结论。例如，在二十一种头状花序植物中，有二十种只有在这个群岛上才能见到；除此之外，加拉帕戈斯群岛上的植物区系，还明显地表现出美洲的性质。对软体动物门类和其他动物的准确研究也清楚地指出，虽然该群岛也位于太平洋中，但它是美洲的一部分。令人吃惊的是：“加拉帕戈斯群岛各个岛相距只有五十海里或六十海里，遥遥相望，由同样的岩石组成，处于同样的气候里，并达到同样的高度，但可能住有不同的生物”。例如，在不同岛上可以见到不同的乌龟，不同种的鶫——反舌鸟，花鸡中的Geospiza属的分布是不一样的。虎克也观察了植物的这种类似的情景。达尔文用大量例子说明了所有这些结论。在这方面值得指出的是，观察到的差异并不大：同一个属的不同物种有着同样的习惯，生活在同样的地方，并在该群岛的自然经济中占有同样的地位。
达尔文在结尾时写道：“在一一查阅了这里引证的事实后，使人感到非常吃惊的是，在这些光秃秃的、岩石累累的小岛上，表现出来的创造力的数量，·如·果·可·以·使·用·这·一·说·法·的·话（着重点是我加的——作者注），但是，更使人感到吃惊的是，这一力量的作用却是多种多样的，虽然这些作用是在完全相同的情况下，在彼此相距很近的地方表现出来的。我说过，加拉帕戈斯群岛堪称为美洲的卫星，更正确地说，可以叫作美洲的卫星群，在体形方面是一样的，而在器官方面却是不同的，但彼此之间以及同美洲大陆之间却有近缘关系，不过同美洲大陆的近缘关系要少得多罢了……”。
但是，如果不把很久以前该群岛的博物学的总导言中的暗示算在内，那么达尔文在这里没有提出