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达尔文收到赫胥黎有关此事的来信以后，精神为之一振。迈弗特的攻击遭到了应有的回击。他在《物种起源》里也亲自作了具体回答。赫胥黎和琼斯·赖特既从哲学方面，甚至也从神学方面打击了迈弗特，这当然使后者感到特别难受。赫胥黎写道：“钟摆式的人物现在摆到反对我们的方面去了，但是我坚信，他还会摆到另一边来的”。的确，达尔文有先见之明，他曾预言，就是“在我们死去和消失之后”也还将长期斗争下去。
达尔文看到赫胥黎文章的清样，倍加赞赏。赫胥黎对迈弗特的神学的抨击，对形而上学的论断，特别是关于理性及其定义的论断的抨击，使达尔文无比高兴。达尔文对赫胥黎支持他在《人类的起源》中得到发展的、关于道德起源的观点表示满意，他把赫胥黎反对华莱士的、关于野蛮人的智力的论据部分作了记号，并且完全称赞的话结束他写给赫胥黎的信。“虎克两年前对我说过：当我读着赫胥黎的文章的时候，我感到我在智力上还是个孩子……。放着异彩的地方有几十处，机智就象是一道道光彩夺目的闪电！”
在《物种起源》的第六版里，达尔文自己又新写了一章。这一章绝大部分是驳斥迈弗特对自然选择理论的攻击的，只有几页是反驳勃龙、布洛克和其他批评者的。他指出，迈弗特把达尔文本人和别人综合过的所有反对自然选择的意见综合起来，而没有举出一条于他本人有利的论据；指出迈弗特认为拉马克的器官锻炼与不锻炼原则有重大意义，而只字不提达尔文在不少地方，特别是在《动物和植物在家养下的变异》一书中谈到过这一原则；指出迈弗特指摘达尔文轻视不经选择的变异性是徒劳的，因为他正是在这本书里分析了这个问题。
然后，达尔文认为迈弗特对自然选择理论反对最激烈的意见是，自然选择“不能解释动物和植物构造的有益特性的初始阶段”，于是达尔文就针对迈弗特作为不可能用选择来解释有益特征起源的最明显的例子举出来的那些具体情况，陈述他自己是如何去想象选择所能起的作用的。他在这里分析了长颈鹿的长颈和高大身材的起源，鲸须的起源，比目鱼的两只眼睛从头部的一边长到另一边去的过程。哺乳动物乳腺的出现，棘皮动物门中叉棘的出现，苔藓动物纲的短腕幼虫和鞭状体的出现，兰科的花为了借助昆虫使花授粉，花朵各部分结构的出现，卷须植物卷须的起源。
至于按照迈弗特的说法应该取代选择作用的那些因素，达尔文针对“某种内在力量或者寻求发展的趋向”仅仅提出这样的意见：关于这种力量一无所知。对于物种突变式地进化问题，达尔文认为这是极不可思议的，因为在人类对家养形态的实际观察中，这种“突变”极为罕见，而且如果人类不以自己的选择加以干预，则由于正常个体杂交的结果，突变也就会迅速消失。而在自然界，在自由杂交的条件下，当然保持“突变”也是毫无可能的。
加上整整一章，当然会使版本分量有所增加，达尔文却从另一方面作了一些删节。
达尔文起初打算在自己有关人类的著述（正如我们看到的，后来它就扩展成为厚厚的一卷书）中，加进谈人的面部表情一章。达尔文曾通读了著名生理学家贝尔的一本“极为有趣的”书：《面部表情解剖学和生理学》，贝尔在书中阐明了面部肌肉和呼吸的密切联系。贝尔认为人的某些肌肉的生成只是为了他能在别人面前表现自己的感情，认为人由于有面部“表情”肌而完全不同于兽类。这些观点，当然是同达尔文的进化思想背道而驰的。
这个问题引起达尔文的兴趣。大概早在三十年代末和四十年代初，当时他对自己孩子的感觉表现进行了仔细的观察。华莱士（达尔文因讨论人类问题同他相互通信，并通知他想加写这一章）对面部表情问题的重要意义显然表示怀疑。好心肠的达尔文大体上同意了他的看法。一八六七年三月，他写信给华莱士说：“这简直是我近二十七年来‘酷爱的题目’之一，在我打算写一篇关于人类的文章以后，我就突然产生一个念头：我最好能够仔细研究出一些有关感觉表现的补充意见。”这将给他带来莫大的愉快。尤其对“动物和植物在家养下的变异”进行过一番艰苦困难的研究之后——象他写信给华莱士说的，“我担心，怕这是一部难懂的巨著”。但是他向华莱士证明，原打算写的补充意见（关于感觉的表现），看来比华莱士所设想的要出色，更便于学科加工。达尔文在这里也想表明，与大家意见相反，认为人的面部肌肉的表情动作和感觉的表现方法，是从动物也具有的那些感觉的表现中发展来的，并指出机体的逐渐发展原则在这一个别场合也适用。
然而，我们看到这部关于人类的书是怎样扩充起来的，其实原来是两本书（《人类的起源》和《性选择》）人为地合并成一本书的。关于感觉表现的补充意见会使这本书更加冗长。而有关这方面的材料却一增再增。达尔文把这个问题分出来单独写成了一本书，是很自然的事。一八七，年一月十七日，达尔文看完《人类的起源》的最后校样以后，立即开始写《动物和人类感觉的表现》一书。光是该书的概要就写了三个多月。确实，六月份由于筹备《物种起源》的最新版本（第六版），使他暂时中断了《感觉》一书的写作，但是后来他继续写下去，并在当年十一月和十二月就拿到了第一批清样。然而，写这本书，也同他的其他著作一样，要同传教士，同各个不同民族中的人士（他给所有这些人寄去事先印好的调查表），也同医生和生理学家，进行大量的通讯。所有这些都使这本书得到了充实，并使付印延期。最后校样于一八七二年八月二十二日才看完，而在同年秋天这本书就问世了。一下子印了七千册，很快就销售了五千多册。虽然达尔文也为第二版收集了大量意见，可是并不需要出第二版。
这本书有序言，共分十四章。序言里写了这个问题的历史概况，并指出达尔文所利用的资料：一、对孩子面部表情的观察；二、根据从精神病医院医生那里得到的材料，对精神病患者的面部表情的研究；三、杜申拍摄的一个面部肌肉因受电击而收缩了的老人的照片；四、著名绘画和雕塑大师们的作品（给达尔文的是很少的），五、对上面提到的、不同人种的人的感觉表现调查表三十六个答案资料；六、对动物，大部分是家养动物的观察资料。序言在结束时提出一个问题：能不能用同样一种原因来解释人类以及动物的感觉表现。前三章，达尔文提出了“一般原理”，他认为这些原理是：（一）有效联想习惯的原理。他认为反射动作，要么是被继承下来的习惯，要么是被自然选择改变了的原始本能。例如，狗在躺下睡觉以前，先转圈子和刨地；幼兽的吸奶动作；马在动身之前，先用蹄子磕地等等。人类的某些动作，即使是受到了克制，但仍然继续表现其感情。
（二）对立原理：反映同一种感情的动作和反映相反感情的相反动作。例如，一条狗怀着敌意接近另一条狗时，就竖着耳朵，高高地昂起头，直竖起尾巴，目不转睛地盯着，龇着牙，两耳向后紧靠，而见了主人，就弓着身子，摇着尾巴，耷拉着耳朵，眯缝着眼睛，垂下嘴唇等等。再如，人在说“是”的时候，同时上下点头；说“不”的时候，同时从一面向另一面左右摇头。
（三）无意向的、神经系统的影响和习惯等等。属于这方面的有：因恐惧而突然头发变白，因寒冷、烧烫伤、恐惧而颤抖，因听到演奏而顺脊背的颤抖（达尔文为时很久的观察），因过分激动而发生的肠道或肾脏不由自主的排泄。各种感觉对心脏和血液循环的作用；疼痛的反射作用，皱眉，出汗，闭气，晕倒等等。
第四章研究的是：动物为了使自己显得更大更可怕（哺乳动物竖起皮毛，鸟类撑起、展开翅膀和尾巴，蜥蜴鼓起咽囔并微微抬起颈脖）而先发出声音，接着略微鼓起皮毛的现象，以及常常伴随着这些动作发出可怕的声音的现象。接着分析了把耳朵向后拉和把耳朵贴头部，这是用牙齿搏斗的动物（狗、马、某些猿猴）狂怒时所常有的表现。
第五章研究动物，尤其是仔细研究狗、猫和猴子的感觉特有的表现形式。当然研究猴子的尤为重要，因为同人类所具有的表现有着不少相同之处。
第六章至第十三章，全面分析研究了人类任何一种感觉和感情的特殊表现形式（这几章，至今对于演员来说都很重要）。达尔文在第十章（关于恨和怒）里说：“我们很大一部分感觉同表现这种感觉的形式是十分密切地联系在一起的，所以，如果躯体始终处于完全消极的状态，那就可以认为没有感觉，因为表现的性质主要取决于在某种心情影响下通常所产生的行为的性质”。
在对成年人各种感觉的表现形式进行分析的整个过程中，还要同时把儿童的、傻子的、猴子的、而有时还有其他动物的同样感觉的表现形式拿来进行对照、比较和引证。达尔文并没有忘记指出，不同种族所具有的这种感觉是有相同之处的，尽管有时候也有某些例外（例如，在表示肯定和否定的时候）。他常常引用莎士比亚或者其他作家的著作。例如，谈到用耸肩表示无能为力的时候，他举出一个作者的下面一段话：“他把双手深深地插进口袋里，两肩耸到了耳朵边，这表示他已无可奈何了，与其让杰克去干，还不如去搬动一座大山。这表示，此事再谈下去毫无益处。”
“同他的其他几本书（这几本书或者是完全没有插图的，或者用从其他出版物中借用来的版画作插图，插图很少，而且又是平平常常的）相反，《动物和人类感觉的表现》一书插图很好，而且插图都是专门约请艺术家（福特）画的，所以使达尔文感到由衷的高兴。描绘看见敌人和向主人亲热的狗和猫的图象就是这样。还有许多儿童的和成年人的、能表现各种感情和感觉的拍得极好的照片。
在最后一章（第十四章）里，他再次重复了前三章里有所发挥的一般原理。有益动作或者使人摆脱可能发生的烦恼事情的动作，就获得了习惯性动作的性质。因此，这些动作在一定的感觉条件（在这种情况下，是有益还是无益，感觉是强还是不强）下会重复出现。在相反的冲动下，生活实践也会产生相反的动作。此外，也会不以习惯和意志为转移而产生一定的反射作用。
经常随着一定的情绪而产生的那些动作都是能表达情绪的。达尔文说：“一些轻微动作是强烈表达出的和合理动作的最后痕迹，即残余。它们在我们的表情方面具有充分的意义，就象退化器官对于一个分类学和有机体谱系学方面的自然科学家所具有的意义一样”。达尔文指出以下情况作为重要结论，感觉的主要表现形式，所有人种都一样，也就是说，产生于同一根源。属于从人类前的祖先继承下来的非常古老的表现有：笑（某些猿类也有）、在恐惧的时候毛发竖起（皮毛略突起）、颤抖、发呆。属于后来的表现有：哭泣（猿类不会哭）和其他悲伤的表现。达尔文最概括的一条结论，就是在《人类的起源》里说的：人类是从低级形式开始进化的，所有人种都有共同的起源。
根据达尔文的儿子弗朗西斯仔细地、精心地收集和发表的达尔文的书信可以看出，达尔文的理论在英国和国外是怎样逐渐地、年复一年地，但又是迅速地不断取得胜利的。越来越多的自然科学家投入了按进化论的精神共同改造生物学的工作。越来越多的事实都要按新的观点加以研究和解释了。
把达尔文主义作为进化学说加以捍卫的斗争是大大地减弱了；现在人们都要比过去用更多得多的精力着手研究达尔文的复杂而涉及面又广的理论的细节和某些个别方面的东西。凯利克和迈弗特创造了一个良好的开端，很快就开始出现了进化理论的新概念和变体。赫胥黎写信给达尔文说：“我开始理解您因《物种起源》而受的苦。一本好书好比一块肉，蠢人就象苍蝇似地围着它团团转，并拚命想在上面产卵，一个个都想孵化出他自己特殊的思想之蛆。”
达尔文在这个时期仍旧十分注意书刊动态，注意论敌和朋友的评论和反应。在他给朋友和拥护者的私人信件里，最后在《物种起源》的各版里他亲自作的修改中，以及我们在谈到重大增补时部分提到过的那些修改中，这都有所反映。第一次在英文第三版里加上的、发展了物种起源观点的绪论性概要就是这样。在概要中，达尔文尊重自己的前辈，简要历数了他们的功绩，按年代顺序列出作者的姓名。我们刚才提到过的、在最新版本里新加的同迈弗特论战的一章也是这样。《物种起源》在达尔文生前共出了六版：第一版，我说过了，是一八五九年十一月，第二版是一八六○年元月；第三版是一八六一年四月；第四版是一八六六年春天；第五版是一八六九年初；第六版是一八七二年。在新的版本里，往往加进各种更能说明自然选择理论和进化思想的例证和意见。达尔文常常把那些不十分恰当的例证或结论，特别是他的批评者或朋友已经给他指出过的那些有疑问的地方，统统删掉，并换成新的例证和结论。他把书中那些最受攻击的地方都加以发挥和深入研究，并且特别注意说明那些因为没有弄懂他的意思而倍受批评的地方。
是的，他不得不三番五次地说服读者，他使用“偶然性”、“偶然地”这种字眼的时候，从来没有否定该种现象是有它自己确凿无疑的真正原因的，但也只是确认，这个原因现在还不清楚。他反对这样一些人，他们硬说，“自然选择”似乎按他们的意见，由于起特殊的形而上学因素作用因而能解释一切。他一再坚持“自然选择”就象万有引力中的“引力”，或者象化学物质的“亲和力”那样，只是一种形象的说法；认为他本人没有把大自然人格化；认为选择一词只是对生物的自然规律作用结果的一种比较简明的说法。其次，他设法说明，对变异原因的无知并不能降低他的理论的可靠性，不管这一原因如何，他的理论依然是正确的；不知电的实质是什么，并不妨碍我们承认它的规律。
他不得不一再重申（同迈弗特争论时就这样），他从来就没有断言过自然选择是进化的唯一因素。相反，他一直说它只是主要的或者最主要的因素。此外，他还一直怕过高地评价他这一因素。这样，他在评价进化的其他可能因素或原因时就显得有些犹豫不决。的确，在关于外部条件的直接影响的意义这一经常困扰他的问题上，我们能看得出来，在他对这种影响的评价上确有一些差别，尽管是一些非常无关紧要的差别，这些差别在《物种起源》的各个版本里，以及在各个不同时期内的著作和书信里，都有所反映。
他由于找到了自己的自然选择原则，并对它的巨大意义坚信不疑，当然就要降低外部条件直接作用的意义，例如气候，在他之前有许多书籍和文章谈过这个问题，照他的说法是“多到令人恶心的程度”。但是从写《一八四四年概要》开始时起，他就一直恪守注意分析所有难点，分析与他的理论有抵触的所有东西这一习惯，对于外部条件的直接作用，他本人就考虑得“多到令人恶心的程度”。我们可以看出，他在这个问题的评价上，有过颇大的犹豫。所以，一八五九年九月，在他着手写《物种起源》的时候，把气候对生物变化有影响这个见解，说成是最有害的错误。可是，在《物种起源》的第五版里，他却改变了书中好几处说法，使外部条件的一定作用和直接作用，以及“无益”变异具有“更多一些”分量。一八七三年，达尔文在给德坎多尔的信中写道：如果条件对亲体的健康及其后代“相当长期地”发生作用的话，他完全相信，后代就将发生变异。
因此，达尔文明确地赞成获得性遗传论。他不止一次地说过，按他的见解，变异主要取决于生物的本性，而远非取决于条件的本性，当然他并不否定后者。这就是达尔文之所以非常希望在比较年轻的自然科学家当中，有人能在外部条件影响植物变异方面进行实验。所以在他去世前不久，即一八八一年，给德国自然科学家泽姆佩尔的信里，当指出泽姆佩尔把条件的直接作用的意义看得过重时，他就是以霍夫曼教授当时对人工条件下栽培的植物所进行的实验为例的，这些实验所提供的论据对这种作用有利的相当少。
随着达尔文主义进一步取得成就，越来越多的作者把他们写的书和文章寄给达尔文，达尔文同外国自然科学家，