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赖尔是否同意进化论呢？在把已不复存在的奇异的力从无生界中排除掉后，只承认在目前仍起作用并可以看到的那些自然力的作用的同时，他自己的思想是否还是始终如一呢？他在各个时期写给曼捷利·赫瑟尔、威韦利和塞治威克（扎德和后来赫胥黎都指出了这一点）的某些信件中，可以认为他是同意把物种的“创造”解释为由于某些自然原因所致的，但是可以说，他是原则地谈到这一点的，因为他连一个这样的原因也举不出来，因此他认为物种起源的全部问题是秘密中的秘密，是最难以解开的谜。至于谈到进化或来源于其它的物种起源，他坚决反对这种推测。当他在批驳了居维叶的灾变说后，他揭示出了造成旧物种绝灭及消失的原因，但他在解释新物种出现之前，就已陷入进退维谷的境地。不管怎样，他要弄清楚最完善的进化论，即设想旧物种为新物种奠定基础的拉马克的理论。他在第二卷中最客观地阐述了拉马克的学说。赖尔不仅承认拉马克的思想是正确的（分类学家碰到的物种形态愈多，就愈难以确定物种界线，就愈能发现物种间的过渡现象），而且用了一些家畜和栽培出来的植物作为新的实例来说明这一论点。他欣然同意某些不同物种相互之间的差异要比另外一些物种相互之间的差异大。但拉马克许多论点没有证据使他大为恼火。拉马克在任何地方都不善于证明物种变化无常的无穷性。而这一点他认为，正是问题的核心。赖尔鄙视拉马克某些论点没有证据，并强调说，“拉马克认为，物种赋有使自己身体变形的无限能力”。“拉马克希望让一些物种蜕变为另外一些物种”。“这就是那些想象猩猩能变人的人们的幻想”等等。
赖尔通过分析物种的变异性得出的结论是，物种在外部条件的影响下能发生变化，但只有在某些范围内才能发生变化；各种物种所发生变化的限度也很不相同，也就是这些变异性的范围足以包括各种物种；动物变异的极端偶然性最常见于家畜方面，并取决于人的干预，而且这样的变异在一定的范围内还是可以遗传的（他认为由于经常使用而得到的变异是没有遗传性的）。但他坚持说，不管外部条件发生什么变化，还是有着物种所无法逾越的某些界限。他认为，异种互相杂交，永远也不会产生出繁殖力强的后代，即使借助于人的帮助，也丝毫无法产生出经久不变的种族。看来，这种规则中的所有某些例外情况，只不过是杂种与纯亚种杂交所出现的偶然现象罢了。所以，物种所经受的各种变化也都没有超出本身的范围之外，所以赖尔作出的结论是，“物种实际存在于自然界之中”和“每一物种在其形成时就赋有它现在所具有的机体的特征”。他在另一处说：“每一物种都起源于简单的一对或一个体（仅一个就足够了），而且物种都是在一定的时间和一定的地点内才能继续不断地形成，这些时间和地点能使物种在指定的时期繁殖和继续生存下去，并在地球上占有一定的位置”。这种思想更加明确地表现在以下这段话中：“我们应推测到，当自然界的创造者创造也动物和植物时，就已预见到这些动植物的后代要生息于其中的一切环境，规定并赋与它们能永久保存物种的机体。”
这就不太象他所理解的“形成”是指自然界的“自然过程”而言这一论点了！在这里公开谈到了神奇怪事，谈到能预见到一切情况的创造者，谈到了一般造化论者所说的创造。
赖尔在这里批驳的只是生物界成群创造论，不承认灾变说，但却保留了物种神秘的创造观点，认为上帝不是一下子，而是用某种不知不觉的方法，一个一个地创造出新的物种，来代替已死绝的物种。赖尔明显地主张物种不变性，并援引了当时寥寥无几的古生物学资料来加以证明。他后来在自己的一封信中写道：“埃特纳火山的外壳至少有十万年了，经过这么多世代也完全没有改变其形状。按拉马克的定理究竟需要多长时间才能使猩猩变成人呢？”
所以，我们既不赞同扎德的观点，也不赞同赫胥黎关于赖尔承认物种起源的“自然”方式的观点。即使他有时也坚决主张过这一点，那也只是在口头上说说而已；他在精心研究了全部问题和作出某些结论的第二卷中，首先明确地表示反对进化论，反对近期物种起源于早期物种；其次，他运用了已明确表明赖尔认为物种是由创造者为了一定的目的而创造出来的某些术语和说法，表达了自己对物种出现的概念。
《地质学原理》这卷书对于达尔文及其思想的发展是否起了作用呢？当然起了作用。至于达尔文，大概是在旅行的第一年年末或第二年年初，阅读了这卷书，这一点是无庸置疑的。至于谈到他很精心地阅读了该书一事，若是知道他当时对赖尔有着几乎是敬佩之至的心情的话，那么也就不必再有所怀疑了。可是他阅读了这卷书给他带来了什么效果呢？显然，这卷书向他广泛展示出物种起源的理论问题。物种变异性的界限，相近物种彼此之间的关系，物种和变种之间差别的实质，现代物种的形态与已绝种的物种形态之间的关系，家养形态和野生形态变化的大小，生存的斗争，变化的遗传性——所有这些问题都已由赖尔提了出来。但不应认为达尔文对赖尔的所有论断都信以为真。当达尔文搜集各种各样的物种时，就在确定各物种之间的界限上产生了实际困难，这种困难大概不止一次地迫使达尔文不能不对赖尔的基本论点的正确性发生怀疑，他发现，好象每一物种的变异都有一定的限度似的。而他在彭塔阿尔塔所进行的考察，已使他产生了可以用血缘关系把现代贫齿类与古生树懒科联系起来的想法。从此，达尔文就把注意力和思考力都用在只有使他才能弄明白的物种起源问题，物种不变性或可变性的那些问题上。
二月二十六日，“贝格尔”号出海了，冒着大风向福克兰群岛驶去。菲茨·罗伊和达尔文来到路易港后，惊异地得知英国为了不让从布宜诺斯艾利斯来的殖民者占领这些岛屿，已经把它们占领了。最近法国人、西班牙人和英国人，都在觊觎这些从前无人居住的岛屿，虽然，岛屿上的全体居民是由几年前就居住在这里的一名（！）英国人、二十名西班牙人，一名西班牙女人和两名女黑人组成，然而英国的旗帜却已飘扬在岛屿的上空。
一月十二日和十三日，“贝格尔”号曾遇过的飓风在这里又刮起来了；停泊在这里的一艘法国捕鲸船，在挣断了三个锚后而遇难。法国人是乘着舢船逃生的，并抢救出了储备食品。后来菲茨·罗伊舰长把这只船上的三名军官接收到“贝格尔”号上来，以便把他们送到大陆去。
在这个为长在泥炭土壤中的硬草所覆盖的阴森森的岛屿上，达尔文作了长时期的散步，走遍了全岛。岛上根本没有树。大概他这时正在海岸上进行有趣的观察，数一数巨大无毛海生蛞蝓属和白色海牛属所产的卵子；它们一次就产卵约六十万粒。虽然产下这么多的卵，但长大的海牛属动物还是特别罕见。达尔文虽然专门寻找长大了的海牛属动物，但只不过找到了七个要使如此稀有的长大了的海牛属动物保存下来，得死多少卵子或胚胎呢？也许，他这时正对那些海生苔藓虫类群体中的奇异的个体感兴趣，因为海生苔藓虫类很象一个长着针状小嘴的鸟头（它们现在被叫作“鸟头体”），从卵子中伸出头来时张着很大的颚，摇摇晃晃；达尔文进行了观察，并且用细针去触动它们的小嘴，它们常常紧紧地咬住针尖不放，也就是说小嘴起着苔藓虫类群体保护或清洗的作用。
当“贝格尔”号停泊在福克兰群岛时，达尔文收集了为数不多的动物，射猎田鹬，寻找贝化石和进行地质勘测。暴风雨仍在继续：一艘英国纵帆船被抛到岸上，而比“贝格尔”号晚到几天的一艘法国考察船被迫下了四个锚，以免遭到同样的命运。暴风雨把一只用锁链锁在“贝格尔”号上的小船刮了下来，后来却又顺利地被拉到岸上，但还是损失了一些索具和船帆。
“海豹捕猎者”也到达了，它是一种适用于捕猎海豹、贩卖奴隶和在海上进行动掠的船只，并把在火地岛海岸被一月十三日的大暴风雨打碎的船只上的全体船员运来了。菲茨·罗伊为了进行测量，从一个外貌很象海盗的“海豹捕猎者”船长洛乌那里，买了一只纵帆船。四月四日，这只纵帆船就被派往里奥内格罗，加入为了测量而留在那里的一些小船之列。
一天后，“贝格尔”号也往那里驶去。
不过，“贝格尔”号于十一月十三日到达那里后，并没有找到这些小船。“贝格尔”号从迎面来的一舰商船那里打听到这些小船继续往南向圣约瑟湾驶去，它就也往那里驶去，可是到达圣约瑟湾后，这些小船已经离去。最后舰长放弃了寻找这些小船的尝试，又往北向里约普拉塔驶去。“贝格尔”号停泊在马尔多纳多。在那里，达尔文离开船搬到市里去住。
达尔文在这个僻静的小城镇住了两个多月。他经常游览判帕斯草原，这是一些覆盖着绿草地的草原，放牧着无数群牛羊。只有恶劣的多雨天气和“贝格尔”号上的同事对他的拜访，才使他所进行的博物学家的工作中断。例如，有一次海军练习生金克在拜访他时告诉他一个消息，说菲茨·罗伊未找到的那些小船到底被专门派来的一只纵帆船在里奥内格罗找到了。尽管这些船有很多处被一月十三日的暴风雨击破，并且里面经常进水，但是这些船上的繁重的测量工作却仍在继续进行。所以哪位军官和水兵如有一件干衬衫或一床干被褥，就被认为是足够阔气的了。
达尔文对马尔多纳多四郊的飞禽走兽和爬行纲了解的特别清楚。除了他本人带来的外，还有该市的孩子们为他服务，而这些小孩子们为了挣得几个小钱，几乎每天都给他带来一些有趣的生物。
他在这里猎获了几只鹿，并注意到了雄鹿身上发出的一种非常强烈而又持久不散的气味。这些鹿与我们这里一贯怕徒步而行的猎人而却不注意骑马的人或坐车走近的人的动物和鸟类不同，它们不让骑马的人靠近，但却对步行的人产生好奇，原因是当地高楚居民就是这样习惯于骑马来回走动的。达尔文在这里观察了少量被吓破了胆的长着大颚的最大啮齿动物水豚。不过引起他特别注意的却是在土中乱拱的具有鼹鼠习性的小啮齿动物——吐科鼠，它在地下通道的某处经常断断续续地发出哼哼声，并以他们发出之声而得名。许多吐科鼠眼全瞎了，大概这是由于瞬膜发炎的结果而引起的。吐科鼠的眼睛比我们南方地下的鼢鼠大，鼢鼠和鼹鼠一样，但又象吐科鼠一样以食植物根部为主，比栖身在洞中的两栖动物盲螈的眼睛大：这两种动物的眼睛几乎都是处在发育不全的状态，并且被一层皮肤从外面盖住。看来，吐科鼠虽然眼瞎，但这在它本身的生活方式中，并没造成任何不便之处。
应该认为，这种动物当时已使达尔文想起拉马克的思想：器官不使用就要导致衰退和毁灭。后来达尔文在《日记》中描述吐科鼠时说：“如果拉马克在想出鼢鼠和盲螈两种动物如何逐渐取得瞎眼的特性的设想时知道了这一事实，那么拉马克就会对这一事实非常赞赏……。拉马克恐怕就会说道，吐科鼠现在正在转入鼢鼠和盲螈所处的那种状态”。
达尔文也注意到与椋鸟相似之处的牛背黄鸟，这种鸟和杜鹃一样，把蛋下到别的鸟巢里，喜欢停歇在马和牛背上。他在《考察日记》中指出，在北美洲有另一种牛背鸟属，它的颜色略有不同而且体形也较小。因此，这里最有趣的是在同一洲的不同地方却发现了同一属的两种相似的鸟。达尔文还指出，牛（背黄）鸟属按其身体构造来说远不同于真正的杜鹃，但却练出了最强的适应力。达尔文确认，美洲鸵鸟属的雌鸵鸟自己不孵卵，而是经常把蛋下到同类的其它雌鸵鸟的巢里，而由雄鸵鸟来孵卵，所以，有时雄鸵鸟就不得不孵由各个雌鸵鸟下在一个巢里的卵。
达尔文也注意到大批的美洲白兀鹫，这种鸟在南美洲是很普遍的，它们在美洲所起的作用相当于我们的乌鸦、大乌鸦和喜鹊。白兀鹫（正如达尔文后来才得知的那样，它是牺居在巴塔哥尼亚沙漠的）在拉普拉塔热带干草原里多得不可胜数，被人们称之为巴西卡拉鹰，因为巴西卡拉鹰经常和齐孟哥鹰、以及同分布很广的、体形不大然而胆大又惹人讨厌的巴西白兀鹫在一起，成群地聚集在屠宰场和村镇附近。相反，大兀鹰本来分布在马尔多纳多以北，看来在拉普拉塔附近出现为时并不太久。美洲兀鹰则分布在合恩角至北美洲一带。在这里，这一类到处都可看到而在欧洲却根本见不到的各种大量的鸟，当时就已使达尔文注意到，某些巴西白兀鹫在往南移时就逐渐消失，而代之以其它种类的鸟。而分布在大陆上的那些鸟中的巴西卡拉鹰，以及齐孟哥鹰，在福克兰群岛上却都看不到（而只能看到美洲兀鹰）。所有这些独特的分布群使达尔文很感兴趣，也许他为了阐明这些事实，就不得不对整个鸟类的总起源加以推测。
当地农村居民，甚至连大庄园主和拥有几千头牲畜的牧主，所表现出的愚昧无知使达尔文感到吃惊。他们对达尔文能用使他们感兴趣的罗盘来确定方向感到惊异，因为在单调的草原上能不迷失方向是具有很大意义的。他们向达尔文提出各种问题：是地球还是太阳在运动；往南去更暖和些还是更冷些；他们分不清英国、伦敦和美国，或以为英国、伦敦和美国是一个地方，或说英国是伦敦的一个大城市；他们对船上的人每天洗脸一事也感到惊奇……
六月，达尔文一次就收到许多家书。凯瑟琳是二月八日给他写的信，苏桑娜是三月三日给他写的信，卡罗莉娜和父亲也写了附言。达尔文高兴得几乎哭了。看来父亲的附言对于他来说是更加珍贵的，他大概总觉得自己前来旅行是违背了父亲的愿望的。他把系统记的并证明他在旅行期间时光过得多么有益的详细日记寄到家里。他在五月二十二日至六月从马尔多纳多写给苏桑娜的回信中，述说了他在旅行中所收到的某些成果及今后的计划。可以看出，这几行字是写给父亲的；他尽力设法要阐明关于博物学家工作重要性的思想，并表明乔赛亚·韦季武德舅舅劝说达尔文医生准许儿子去旅行是正确的。他写信告诉姐姐说：“我满有把握地认为，在这次航行中所花的时间，如果说用在其它一切方面都是浪费的话，那么对博物学来说将会是卓有成效的，而且在我看来，为了丰富总的科学宝库，我们所能做到的那么一点事情，就会同任何其它目标一样，也是值得重视的人生的目的。这些想法所产生的结果连同对未来的美好展望——在我们过了麦哲伦海峡后，我们面前就会呈现出一个美丽如画的世界——要比目前的愉快感更能促使我下定快心把这次航行继续下去。想一想安第斯山脉、瓜亚基尔的茂盛的森林、南海中的岛屿以及新南威尔士吧！我们将要看到的壮丽而富有特色的风景是多么多啊！奇异的部落是多么多啊！对于地质学和无穷的生物研究来说，这是一些多么好的机会啊！这种展望难道不可以重振最颓丧的精神么？如果我错过这个机会。我想我在坟墓中也不会得到安息的。我的确会变成一个幽灵并且出没于‘英国博物馆’之中……”
在给苏桑娜的这封信中，有几行字专门论述了黑人奴隶制度。查理写道：“如果英国将是完全废除奴隶制度的第一个欧洲国家的话，那么对她来说，这是多么值得骄傲啊！在我离开英国以前，有人曾对我这样说，在奴隶制国家住过以后，我的全部观点就会发生改变；但我所觉察到的唯一改变就是：我学会了对黑人的性格作出更高的评价。看到一个黑人而不对他发生亲切感是不可能的；他们有着那样充满着愉快、坦率、诚实的表情和那种肌肉健壮、富有优美感的体格”。他在从马尔多纳多给友人赫伯特的信中表示希望“诚实的辉格党党�