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嘛乌玛巴所造，密殿上方有怖畏金刚立体坛城和化身工匠乃乌琼哇所建怖畏金刚像。
色拉特钦林色（（藏文），3000人）。由大慈王释迦益西创建于土猪年。大慈法王生于蔡公塘（藏文），依止宗喀巴大师等众多圣者广习经论成为善巧，并获得能忆念前世的神通等。宗喀巴师徒往色拉寺孜（藏文）时，乃乌巴常大做供养，时释迦益西正善好侍奉宗喀巴大师，大师见《般若经》字似黄金书写，遂向其授记说：“可于此处建造寺院。”后释迦西作做为宗喀巴的代表前往内地，降下瑞雪，并治愈皇帝的疾病，因而大明皇帝于慈氏殿（藏文）封其为“大慈法王”。释迦益西在御花园侧建花园寺（藏文），弘扬宗喀巴政教。后带着《甘珠尔》印本等返藏，丰盛供养宗喀巴大师，并建色拉特钦林寺，从此似莲花吸引蜜蜂，众善巧从四方云集色拉。大慈法王的弟子有阿莫噶、帝师索南谢热等。之后，任命十难论师达杰桑波为色拉寺住持，而大慈法王自己再次前往内地，前皇之子宣德亦对法王甚为礼敬，据传大慈法王在五台山建造过一些寺院。大慈法王返回西藏途中圆寂，其遗体及三佛田等供奉于安多佐摩喀。
色拉寺的法座从达杰桑波依次为贡如堆巴·坚赞僧格、夏鲁热绛巴·扎西嘉措、拉堆巴·洛追仁钦桑波又称贡欠木正巴、乃丹巴、拉浦法王、年师贝觉伦珠、多闻贝丹洛追、娘堆哇·嘉央敦岳贝丹、尊者格敦嘉措、大学者藏巴色拉至尊曲吉坚赞、班钦·索南扎巴、赤·曲扎桑波、至尊索南嘉措、东科尔·永丹嘉措、至尊永丹嘉措、班禅·洛桑曲间、阿旺洛桑嘉措等。
色拉寺中原有五个札仓，后来其中的甲札仓（藏文）和仲登（藏文）札仓合并到色拉堆札仓（藏文），由钦波谢热嘉措、贡如曲洛、释迦桑波等任住持。色拉麦札仓（藏文）即闻思宝洲（藏文），由钦波·绛曲本又称绛曲沃色、雍巴尊桑、释迦扎西等任住持。色拉杰巴克忙札仓（藏文），由木真巴·洛追仁钦僧格、年师·贝觉伦珠、贝丹洛追、顿岳贝丹、至尊曲吉坚赞等担任住持。色拉密宗札仓原是拉藏汗做福寿法事的勾仁札仓，夏住北方，东居拉萨，后拉藏汗出资修建色拉新经堂，而原来的旧经堂成为勾仁札仓的固定活动处，以后为色拉寺的密宗札仓，住持依次为桑杰丹增、曲多杰、曲觉嘉措等。
色拉寺供奉的佛像等物，旧大经堂最里面有伏藏能仁像，及从内地迎请的？檀像为内藏，由乃乌琼哇塑造的十六罗汉降言像。护法殿内有夏鲁·列巴坚赞手制的胜魔怖畏金刚，及六臂怙主、法王、宝帐怙主、四壁怙主、天女像等，壁画中有曾向后藏军队示威的红？怙主像、鸦首怙主像，西侧内有上师像等。大经堂楼上的西侧佛殿内有以许多佛舍利为装藏的无量佛像、坚赞桑布的灵塔。大经堂的其麦贝大殿（藏文）上方有比丘尼白姆（藏文）的本尊十一面大慈观音像，据说藏于帕邦卡，由坚赞桑布获得，另有以清凉寒林的石块所造四臂怙主＇12＇、龙泥所造二能仁王像、阿底峡的牙齿为内藏的佛塔，及金银汁书写的《甘珠尔》等。强钦夏热神殿（藏文）中国有阿底峡像，以如意宝、舍利等为装藏，还有银制弥勒像及白响铜所造七大近侍，以及无量佛、能仁王仲欠玛（藏文）、辟火灾弥勒佛、白度母能言像等。郭切殿（藏文）内有能仁王像、罗汉像、《甘珠尔》、银塔。大经堂里面供弥勒三重勇识报身大金像、以甚为殊胜物做内藏，旁有近侍、二忿怒明王像等。大经堂的西侧为十地殿，东为供怖畏金刚、护法神等的神殿，另西内殿（藏文）、甘珠尔殿及各个札仓的经堂内亦供奉有许多具加持力的佛像等。特别是在转经道上有据说是阿育王所造千万宝塔之一——具加持的本巴（藏文）小塔。杰巴札仓内有用刺树所制的马头明王像，原一只脸似明王的红乌鸦隐入刺树中，遂以该树为主干塑造成大密马头明王阴阳体像，另有大吉祥金刚童橛等。
拉萨梅如地方（藏文），吐蕃赤热巴巾赞普在四境建立佛塔和僧伽组织，但朗达玛时实行禁佛而被摧毁，后来得到重建的属于梅如地方的有仲却寺（藏文）。热莫且的德玉噶丹三旦林寺（ ）的前身是噶瓦寺（藏文），赤热巴巾时在梅如东部建？如寺（藏文），在梅如南面建噶瓦、噶沃（藏文）寺，在梅如北方建章康（藏文）、章康后寺（藏文），成立僧伽组织。后来噶瓦寺由蔡巴万户长噶德桑波迁移到热莫且，并于寺内建四供施院（藏文），称为“德玉”。德玉寺的住持与梅如寺的住持同由一人担任，后来德玉寺法嗣中断。
拉萨药王山有医学院，山后有一禅房，据说是莲花生的。
帕邦卡（藏文），最早是颂赞干布的修地和“七试人”等的住地。朗达玛禁佛后，一段时期内寺院不存。后来，格西扎益巴重建帕邦卡寺，但从第七任住持起开始衰落。法王八思巴统治西藏时，帕邦卡寺又得到恢复。“土猪年战争”时复为衰败，后由大乘法王再度重建，继尊者德勒尼玛建立僧伽部，但因西藏内乱，帕邦卡寺未能得到发展。之后从第十饶迥的土羊年起昆师·贝觉伦珠使帕邦卡寺得以复兴 。
桑浦乃乌妥寺（藏文），俄·勒巴喜饶建。现今寺中有格鲁派的四个札仓和萨迦派的七个札仓，全寺住持依次为谢热多杰、译师罗丹喜饶（在位七年）、香策邦·曲吉喇嘛（在位32年）、年巴日里（在位2年）、南培巴（在位8年）、恰巴·曲吉僧格（在位18年）、孜旺僧（在位5年）、藏·嘉央僧格（在为13年）、涅·代巴桑波（在位7年）9、嘉赞乃（在位7年），因嘉央僧格和代巴桑波二人不和，使寺院分裂成上、下二寺。上寺自嘉央僧格后，由宣敦舍波等担任住持，下寺自嘉赞乃后，由桑哇达沃等担任住持。桑浦上寺内有涅钦仁散巴的贝色（藏文）和尼玛塘（藏文）二札仓，及达波（藏文）、酷库贝哇（藏文）、南加色康（藏文）札仓，共为五札仓。桑浦下寺中有新、旧卓（藏文）札仓、娘若（藏文）、乃郭哇（藏文）及上、下院、玉巴（藏文）札仓，共计七札仓。属于格鲁派的有四札仓，其中之一是上院，当阿阇梨僧格日温在桑浦寺主持讲闻时，宗喀巴大师曾以四论参加游学辩经。僧格日温后由宗喀巴和绒敦的弟子钦热扎桑任住持。继为生于札且哇（藏文）的永丹嘉措（帕沃），因其弟子崇敬宗喀巴大师，受到部分寺僧的责难，其等遂于下院的上方用石头建庭院围墙，在里面讲授和学习贾曹杰等人的著作，因而被称为上院（藏文）。而原来的学院被称为下院，守持萨迦教派，以讲闻绒敦的著作为主。上院（300人）的上师由班钦·却拉沃色、丹巴坚赞等担任，现今上院僧众除夏座期间外，一般住于聂塘德瓦坚（藏文）等处。见色札仓（80人）由涅郭·仁钦桑珠、菩萨热振巴·释迦索南等任上师，尼玛塘仓由丹玛·洛追嘉措、涅钦·谢热嘉措等担任上师。娘若札仓的上师传承在噶丹寺部分已有叙述。
蔡贡塘曲科林寺（藏文），《传授口诀》（藏文）中授记云：“在此比方边鄙地，名蔡塘沙滩处（藏文），出现称为‘无生’者，建造吾之大身像。”预言所指的喇嘛香玉扎巴·尊珠扎生于吉雪蔡巴止（藏文），据说是阿弥陀佛的化身。他起初做了许多放咒、与人争斗之事，后从珠卡哇等受比丘戒，拜见噶洛、达波关巴·慈成宁波、俄·多德、玛叶把等大德，求修持教言而证悟“无生”，成为达波噶举的大成就师，于蔡地创建寺院，弘扬佛法。喇嘛香有称为“四光”的桑杰、热钦、南拉、日巴南沃等弟子。喇嘛香去世后，蔡羊寺（藏文）的法座从第三饶迥的木虎年起依次为宁梅·释迦益西（48岁等位，在位14年）、绛益（在位2年）、拉秋喀巴·尼玛沃（在位5年）、桑杰本（在位18年）、桑杰宁波（在位7年）、桑杰宣尼（在位23年）、色康登巴·贡噶坚赞（在位33年）、桑仁波且（在位9年）、释迦本（在位10年）、绛曲贝桑（在位47年）、敬俄·扎巴谢宁（在位24年）等，现今蔡羊寺成为僧衣俗人（藏文）的居第＇13＇。在土官桑杰安珠之子本仁加（藏文）时期，受到忽必烈汗的封赐，命其管理蔡巴万户，辖区包括卫地下部、吉雪曲续（藏文）以上的地区，并掌管斯康夏（藏文）等寺。仁加之子噶德在卫林（藏文）建密宗学院（100人），历任上师有曲加、贡洛、绛加等，又建讲说显宗的曲科林寺，此寺现今已同斯康夏巴寺合并。之后，斯徒仲钦·贡噶多杰或名格洛主政时，誉称为“蔡时期”（藏文）。继归大司徒绛曲坚赞统治，其建日喀乃乌（藏文）。仁桑巴执政时被称为“乃时期”（藏文），仁桑巴的后裔曾做过宗喀巴大师的施主。
恰浦扎寺（（ ）40人），据传是由鲁梅的弟子释迦旺创建。列扎寺（（藏文）20人），久关巴的弟子桑杰本建，其子桑杰绝丹巴建列布寺（（藏文）40人）。另有班禅·洛桑曲吉坚赞的扎西郡（（藏文）154人）、郎热甲（藏文）诸寺，及曲赤洛久（藏文）、香玉扎巴（藏文）的止甲盖布郭寺（（藏文）17人）和岗寺（（藏文）17人）。梅叶建的叶尔巴贝噶寺（藏文）和卓卡寺（藏文）等，现已成为僧衣俗人的居地。除上述寺院外，尚有一些尼姑寺。
堆隆地区（藏文），噶瓦栋寺（（藏文）80人），修波谢热建，现为僧衣俗人的居地觉木隆寺（（藏文）332人），特玛巴多杰宣尼的大弟子贝底·扎坚旺秋慈成建，出现过善好的戒律讲院，至尊宗喀巴的上师噶玉洛色的侄子曲加贝桑时期改宗为格鲁派。后觉木隆寺的讲闻稍有衰败，达隆扎巴·洛坚前去担任上师而光大讲闻。寺内有群巴（藏文）、浦康（藏文）、法相三札仓。
曲桑寺（（藏文）170人），至尊宗喀巴的大弟子谢迥洛追建。赞卓兰巴寺（（藏文）120人），堆隆巴钦波·仁钦宁波建。东噶寺（（藏文）152人），桑浦喇嘛雅隆巴·若扎嘉建。措梅寺（（藏文）66人），鲁梅建造，由释迦旺秋扩建。扎巴热策寺（（藏文）30人），鲁梅弟子那？
多杰 旺秋建。坝浦寺（（藏文）55人），帕竹四弟子之一坝塘巴·洛追僧格建。塘浦寺（（藏文）31人），菩萨德莫塘巴·洛坚建。另外也有很多尼姑寺。上述堆隆地区诸寺大都属格鲁派。
吉梅地区（藏文），宗喀巴在塞区的多勾谷（藏文）摄集众学者，普降广深法雨。喇嘛拉巴旺加（藏文）在久拉梅（藏文）建立寺院和僧伽组织，在其上部的久拉堆（藏文）地有桑俄颇章（藏文），是宗喀巴亲弟子久日四难论师仁钦坚赞所建。吉堆（藏文）地区的久日新寺（藏文），是四难论师贡噶公保所建。甲玛万户辖区内（藏文），有达降的甲玛仁岗寺（藏文），是乃乌索尔巴的弟子久关？宣屁扎巴年三十岁时所建。寺院法座自久钦波（在位51年）后，从第三饶迥的金兔年起逐次由恩？桑杰宣迥（34岁登位，在位42年），喇嘛桑杰永丹（39登位，在位32）、德协宣僧（在位25年，享年65岁）、岗巴？宣尼本（在位18享年68）、桑杰沃迥（建金顶，在位25年，享年61）、桑杰宣沃（在位42享年60）、扎西坚赞（在位8，享年61）、敬俄？贡桑（在位1，享年73），之后二年间法座空位。继敬俄？宣尼僧格于第六饶迥的金兔登位，但不久被萨迦官员加桑杀害于纳木措，六年间寺际法座空位。之后为索南坚赞（在位21，享年55）、桑杰永丹后者（在位5年，）按《青史》记载其后法座空位三年。继由敬俄？桑杰绛曲（在位21，享年56）、敬俄？贡洛（在位11享年59）、宣尼沃后者（在位36年）、敬俄？洛追坚赞钦波（49岁登位，在位2年，享年59岁）、洛追坚赞后者（27位，在位2年）、洛追久美（木猪年登位）等担任寺院法座。下部的努区甲玛董布日寺（藏文），鲁梅建造，由布多巴护持，现为僧衣俗人居处。柔古区的格敦岗寺（藏文），由色吉布巴？曲吉嘉措和桑杰恩敦的弟子桑莫哇二人的门徒拉？格敦岗巴拉旺坚赞建。尊莫策寺（藏文），由持律大德扎巴坚赞创建。扎巴先赞往昔转生为波罗门子时，向除邪信佛（藏文）的一位化身独觉佛发菩提心＇14＇，誓原要受持教法。释迦牟尼佛时期，扎巴坚赞受生为比丘戒顶（藏文），之后又成为三十三天中的寂顶（藏文），后来转生为永丹沃、那措译师、藏巴甲热。扎巴坚赞生于卫区上部占地（藏文），任敬俄正法王的待寝官，并成为宗喀 巴 大师的大弟子，？律类的著作甚丰。扎巴坚赞转世是列布息卫宁波，之后转世活佛为东科？达哇坚赞、永丹嘉措。永丹嘉的转世曾出现过两位，即蒙古地方的嘉措和加哇措二人，其中住于青海者（指加哇嘉措）据说举行过夺舍法术＇15＇。或认为杰却贝桑（藏文）也是扎巴坚赞的转生。
大菩萨洛追坚赞建甲玛寺、卡卓区的尼登曲德寺（藏文）、德莫塘寺（藏文）及子寺章加（藏文）等。
冈冈（藏文），现属格鲁派，由格西甲域哇的弟忆昌谢钦波？仁钦沃色建。昌谢去世后，从金兔年起寺院的历任上师为角敦？绛曲仁钦（46登位，在位31年）、昌谢角色？仁钦僧格（38岁登位，在位20年，享年58岁）、修波？杜扎巴（34岁登位，在位34年，享年68岁）、索仁（41岁登位，在位32年，享年73岁）、仁宣（32岁登位，在位41年，享年73岁）、仁僧（24岁登位，在位35年，享年61岁）、桑沃（18岁登位，在位6年，享年24岁），之后从土鸡年起法座空位三十九年（《青史》）。继尊桑（37岁登位，在位26年，享年63岁），后法座空位一年从火兔年，起顿珠贝（23岁登位）等担任。
门卓恰盖寺（藏文）如同噶丹寺部分所述，止贡贡加强迫改宗时，被遭放逐的僧众至建于扎卫（藏文）的唐加寺（藏文）居住，此寺原属松赞干布时期所建的边压殿之一，后弘期时由鲁梅复建，后属觉囊派，由菩萨洛坚改宗为格鲁派。萨迦雅德班钦？尊珠达所建埃温寺（藏文）的下寺（藏文），由宗喀巴弟子曲郭巴？扎西仁钦建，为格鲁派寺院，现今二寺皆属格鲁派。罗阿帕莫曲德寺（藏文）官索南加波命大菩萨洛萨追赞做净地仪式，尔后建造寺院，成立僧伽组织，从桑浦寺迎请涅钦？谢热坚赞担任寺院的上师。帕莫拉寺（藏文），敬俄？仁波且慈拜建。门卓羊恩寺（藏文），据说是帕旦巴桑杰的弟子显巴所建，现为僧衣俗人之居。色热寺（藏文），梅卓哇？丹尼建。拉隆吉卓寺（藏文），由释迦室授戒的部份出家人居住而形成，桑杰恩为寺主，属于觉囊派，但后来扎卫巴改宗为像鲁派。止贡敬俄法王所建龙雪赤斗寺（藏文）、拉琼宁玛寺（藏文）现为格鲁派僧衣俗人所居。肖固安寺（藏文），最早由噶洛创建，后来寺院衰落（遭帕竹巴火烧），法台强巴嘉措遂将仁岗寺（藏文）的流散僧众安置在消固安寺迹处。素师的门徒仁钦僧格在消区建沃色寺（藏文）等。
彭域地区，宗喀巴的弟子彭域人年波释迦坚赞在者地（藏文）建仁钦扎寺（藏文），仁钦扎东面的博多寺（藏文）内现今 有尼姑居住 。浦琼寺（藏文）和仁钦扎寺西面的乃乌索寺（藏文），属达隆噶举和萨迦派。年波？释迦仁钦建造的促敦寺（藏文），现今为僧衣俗人居住的寺院。喇嘛益西贡保所建的度康寺（藏文）及子寺拉降（藏文）亦是僧衣谷人居住的寺院。彭域上部有杰拉康寺（藏文）《传授口诀》中曾预言：“名‘杰’的寺院，将由慈氏怙主的化身建造。”所谓慈氏化身是指？庆的戒传弟子鲁梅门徒中的“四柱”之一“杰”地的向钦波又称那囊？多杰旺秋，他创建拉康寺，寺院的历任法座见大事年表。色康寺（藏文）原为勒色康巴建造，后迁至桑杰恩的弟子松居莫哇所建寺中合并为一。噶丹曲科林寺（13人），由噶当派的益迥复建旺萨（藏文）寺而成。在彭城下方有色康粗谢？扎巴所建的年波寺（藏文），现为僧衣俗人居生的寺院。
与卫堆止贡替寺（藏文）相近处有伦波恩寺（藏文），是至尊宗喀巴的门徒拉斯巴（藏文）所建，后被止贡贡加摧毁。热振寺（331人）如同前述，自宗喀巴法驾莅临此寺起，表成新旧噶当派的结合。宗喀巴在扎僧（藏文）的雪地（藏文）宣说对法，后形成羊贡静房（藏文），在修房和有足印处建成尼姑寺热振三丹林。香卡寺（藏文）木雅？贡保益西建，他的一位弟子建散降修院（藏文）。日曲寺（藏文），拉隆哇？沃加巴建。龙雪马次寺（藏文）或名贝拜寺（藏文），从宗喀巴大师受比丘戒的大菩萨坚赞扎桑建。龙雪贝拜岗寺（藏文），宗喀巴的亲疵子阿里？索南仁钦