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清朝在燕京地区建立了顺天府，在东北地区建立了奉天府；一在首都，一在留都，其设官分职属于一种特殊类型。
顺天府乾隆八年（1743）定顺天府之地为四路厅、二十四州县，州县隶属于路厅。设官有兼管府尹事大臣一人，由大学士、尚书、侍郎内特简。府尹正三品，府丞正四品，俱各一人。府尹总管京畿及四路的政令条教，“以成首善之化”，比一般府尹权力大，品级高，如升调州县官，可与总督会衔。府丞掌学校政令。属官有治中、通判，经历司经历，照磨所照磨，司狱司司狱，皆汉人。儒学教授，满、汉各一人；所辖四路厅同知正五品，各一人；州、县，知州、知县正七品，俱各一人。大兴、宛平二县并与五城兵马司分区而治，比外县高一品级。
奉天府天聪八年已尊为盛京，顺治元年清入关，原来盛京的六部俱废。
自顺治十五年至康熙三十年又重建户、礼、兵、刑、工五部。均置侍郎以下官，称“盛京五部”。又设盛京内务府，为外地所无。自顺治十年设辽阳府，十四年更名奉天府，至光绪三十三年（1907）改行省。奉天府所辖地方为府二，兴京同知一，直隶厅一、厅二，州五，县十四。设官有兼领府事大臣一人，由盛京五部侍郎内特简，后归盛京将军兼辖。府尹，满洲一人；府丞，汉一人，品级同顺天府。属官治中、围场通判、库大使、经历、司狱、巡检兼司狱、府学教授，俱各一人。府尹主府事，小事决之，大事呈报。
清朝继承元明以来的分省建制，以省为地方上的最大行政区域，下设府、厅、州、县，构成地方上的省、府、县三级基本行政系统组织。其设官分职如次：总督省级的最高长官，全称为总督某某省等处地方提督军务、粮饷，或兼巡抚事。清朝一共建立了二十三个省，其中内地十八省为沿袭旧制或以旧制为基础，其余四省在边境并为清末所置。这些省是：直隶、奉天、吉林、黑龙江、江苏、安徽、山西、山东、河南、陕西、甘肃、浙江、江西、湖北、湖南、四川、福建、台湾、新疆、广东、广西、云南、贵州。总督管两省或两省以上的地方军政事务，尤其侧重于军事。雍正元年定总督加衔制，加尚书衔的兼都察院右都御史，从一品；余为兵部右侍郎兼右副都御史，正二品② 《光绪大清会典》卷81。
①。有清一代，全国共设总督九人，即东三省、直隶、两江、陕甘、闽浙、湖广、四川、两广、云贵②。此外还在省级地方设有专门管理漕运的漕运总督和治河的河道总督。
巡抚总督之下设巡抚，其全称为巡抚某省等处地方提督军务兼理粮饷，或节制各镇，职权很广泛。有的加侍郎衔，为正二品，否则为从二品。巡抚基本上是管一省，也侧重于军事，但比总督管民政更多，为总管一省军事、行政、监察及教育在内的高级长官。清朝所设巡抚共二十一人，其中由总督兼的有奉天、直隶等八人，单独设的有江苏、安徽等十三人。山东、山西等五省巡抚皆兼提督衔，贵州巡抚兼节制兵马衔①。
提督学政各省一人，由侍郎或科道进士出身的官员中委任，带原品级，掌学校和科学考试之政令。
承宣布政使司布政使简称布政使司或藩司。布政使，从二品，每省一人，只有江苏二人，实际是一省长官，上承朝廷旨令，下帅府、州、县官，但因有督抚之设，渐居次要了②。其属经历司经历、都事，照磨所照磨，理问所理问，库大使、仓大使等，分掌出纳文书、照刷案卷、审核刑名以及保存档案、财政收支等。
提刑按察使司按察使各省均设，简称按察使司或臬司·设按察使一人，正三品，比布政使地位略低，掌司法监察，“澄清吏治”，常与布政使并称为“布按”。其下设知事掌勘察刑名，司狱检察囚犯，经历、照磨所掌同藩司。
都转盐运使司盐运使清朝在各地所设盐务衙门。最高的长官是盐政，由总督、巡抚兼任。实际办事的是盐运使，从三品，奉天、直隶、山东、两淮、两浙、广东、四川各一人。也有的省设盐法道。盐运使司及盐法道之下有盐务分司、盐课提举司、盐课司、盐引批验所等。
道员清代各省设道员，正四品，或有专责，或作为布、按副使。专责者有督粮道或粮储道，简称粮道；又有管河道或河工道，简称河道。官则有的单设，多数为兼任。其他如驿传道、海关道、屯田道、茶马道等，一般由当地同品级官兼道员。作为布、按副使者，有分守道与分巡道。守道由布政使下的参政、参议发展而来，巡道是按察使下副使、佥事演变的结果。初设只辖一府，或数道同辖一府，后来有的统辖全省，有的分辖三四府之地。为此，守、巡二道由原来临时性差使变为固定的地方长官。而且前此守道主管钱谷，巡道侧重刑名，久之两者各加兵备衔，所掌渐趋一致。乾隆、嘉庆时① 《光绪大清会典事例》卷23。
② 详见《清史稿》卷116《职官三》。
① 《光绪大清会典事例》卷23。
② 《光绪大清会典事例》卷23。
又准其密折封奏①，权势日益加重，以致有人视道为省下、府上一级地方行政机构。实际上道不完全具备地方政府性质，不过是省级行政机构的派生物。
府官府是省之下的一级地方行政机构。知府为一府长官，从四品，掌总领属县，宣布条教，兴利除害，决讼检奸。三年一考属吏，具其优劣上报。一切要政皆需通过督、抚允准乃行。清朝以知府“为承上接下要职”，故严谕督、抚对其考核。同知正五品，通判正六品，协助知府，分掌粮盐督捕，江防海防，河工水利，清军理事，抚绥民众诸职。属官有经历、知事、照磨、司狱等。
厅州官清朝有直隶厅、州和一般厅、州。凡统治地方人多并直隶于布政使司的为直隶厅、州，地位与府大致相同。厅设官同知正五品，通判正六品，州设官知州正五品，州同从六品，州判从七品。清朝在全国设有直隶厅四十一个，直隶州七十三个。其外的厅、州，称为散厅、州，地位略同于县。至清末，全国已设散厅七十八个，散州一百四十五个②。散厅、州设官与直隶厅、州相同，而品级差一等。散厅、州属府管辖，个别的隶于将军或道员。县官县是地方基层政权机构。清末全国已设一千三百五十八个县。每县设官为知县一人，正七品，县丞正八品一人，主簿正九品，无定员。知县掌一县治理，主要是决讼断辟，劝农赈贫，讨猾除奸，兴养立教。县丞、主簿分掌粮马、征税、户籍、缉捕诸职。典史掌稽检狱囚。
府厅州县的职官，还有府厅教授，厅州学正，县教谕，府厅州县训导等，分别掌管各该地方学校的教育与教学。州县关津尚设巡检、驿丞、闸官及税课司大使、河泊所大使等。
清朝在西北蒙古、青海、新疆、西藏，西南四川、云南、贵州等少数民族聚居的地区，所建职官制度，既不同于京畿、东北和内地各省，在这些地区之间又有很大差别。
内外蒙古的盟旗制清朝以大漠为界，将蒙古分为漠南内蒙古和漠北外蒙古①，并以此为基础建立了盟旗制度。盟由各部定期会盟而形成的机构，旗是分解原来的部落而组成。旗隶于盟。内外蒙古的盟旗设官基本相同。每盟设盟长、副盟长各一人，掌管盟务。盟长先由各旗会盟时，从旗长即札萨克中推选。后来改为清朝理藩院开列盟内札萨克，由皇帝任命。其外每盟各设备兵札萨克一人，管理军务。有的盟还设帮办一二人，协理盟务。旗是军政合一的地方政权机构，每旗设旗长一人，又名札萨克，掌全旗要务。又设协理副之。其属有管旗章京、副章京及参领、佐领、骁骑校等官。札萨克等官员多数都是原来蒙古各部落的首领并经清朝封有爵位的王、贝勒、贝子、① 《光绪大清会典事例》卷25。
② 张德泽：《清代国家机关考略》第222—224 页，中国人民大学出版社版。① 《光绪大清会典》卷63。
公、台吉等人。
内蒙古的盟旗是把原来的二十四部，按其活动地区划分为六盟、四十九旗。具体组合是，东四盟：哲里木盟统十旗，卓索图盟统五旗，昭乌达盟统十一旗，锡林郭勒盟统十旗；西二盟：乌兰察布盟统六旗，伊克昭盟统七旗。清朝在这些盟旗之上由理藩院及派驻地方的将军、都统进行管辖。他们是，盛京将军监督哲里木盟的科尔沁六旗；吉林将军、黑龙江将军监督哲里木盟的郭尔罗斯前旗和杜尔伯特旗等；热河都统监督卓索图盟五旗及昭乌达盟十一旗；察哈尔都统主要掌管察哈尔八旗及四牧群，其外监督锡林郭勒盟十旗；绥远城将军管辖土默特二旗并监督乌兰察布盟六旗及伊克昭盟的鄂尔多斯七旗。
外蒙古虽在清入关前已建立了“九白”的常贡关系，但入关后一度受噶尔丹的骚扰，直到康熙平定噶尔丹之后才恢复并确定外蒙各部的牧地。清封各部首领为汗和王、贝勒、台吉等，如内蒙一样建立盟旗制度。其各部所组合的盟旗是：喀尔喀四部及附额鲁特、辉特部四盟、八十六旗；杜尔伯特部及附辉特部二盟、十六旗；新土尔扈特一盟、三旗。此外札哈沁、明阿特、乌梁海部等，虽也有旗之设，却不属于外蒙古各盟。清朝对外蒙古盟旗的管辖，中央有理藩院的典属、柔远清吏司等机构，地方上有驻防将军或大臣等。其中定边左副将军（或称乌里雅苏台将军）为当地最高统治者，下设乌里雅苏台参赞大臣二人，一人由蒙古王公担任，与将军共同管辖喀尔喀诸部盟旗。科布多参赞大臣及帮办大臣管辖杜尔伯特、辉特、新土尔扈特等盟旗及札哈沁、阿明特、乌梁海等旗。库伦办事大臣掌中俄交涉事务，其属恰克图办事司员一人，负责监督中俄贸易。
青海蒙古的盟旗制清代的青海主要为蒙古额鲁特部居牧之地，共分五部、二十九旗。即：和硕特部二十一旗、绰罗斯部二旗、辉特部一旗、土尔扈特部四旗、喀尔喀部一旗。还有察罕诺门汗部自编一旗。每旗各设旗长，掌治一旗，属官之设如内蒙古。旗之上，青海各部与察罕诺门汗部一旗共会一盟，但是不设盟长，而以清朝驻西宁办事大臣莅盟统辖之。道光三年（1823）又分河北二十四旗为左右翼，每翼设正、副盟长各一人①。
新疆的盟旗制和伯克制新疆在清末建省之前，曾就额鲁特旧土尔扈特部与和硕特部的实况，如内蒙设盟旗制。即：旧土尔扈特部为盟四，和硕特部为盟一。盟下为旗。每盟设正、副盟长各一人，旗设旗长（札萨克）一人，掌盟、旗政令。但是盟长由清朝政府任命，旗长则基本是世袭。此外新疆大部分地区为维吾尔族居住，清代称为“回部”。哈密、吐鲁番率先归服，曾设旗，部长被授札萨克。自康熙至乾隆平定回部诸乱之后，在这些地区不设札萨克，而实行伯克制。伯克原来是回部的酋长，经清朝重新任命，按职责① 《光绪大清会典》卷67；《清史稿》卷79《地理二十六》。
和品级称某某伯克，共三十余名目①。最高的为阿奇木伯克，掌综回务，三品至六品，其次为伊什罕伯克，掌赞理回务。四品至六品。其余分掌地亩、田粮、税务的，大抵四品至七品。在清朝所封的札萨克郡王和诸伯克之上，清朝还派驻了伊犁将军，掌天山南北最高军政大权，下设参赞大臣一人辅之。又设塔尔巴哈台参赞大臣，喀什噶尔参赞大臣及帮办大臣，叶尔羌办事大臣及帮办大臣，和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔办事大臣等，以及乌鲁木齐都统、副都统，分管所在回城事务。
西藏的政教合一制清代称藏族为图伯特，或唐古特，所居地区分为卫（前藏）、唐（又称喀木）、藏（后藏）、阿里（又名喇里）四部。崇德年间达赖及班禅已派人贡于清朝，经康熙至乾隆，先后平定噶尔丹叛乱及其所造成的影响，清朝在西藏便建立了政教合一的制度。当地的最高统治者为达赖喇嘛，驻前藏拉萨，掌全藏政令。班禅喇嘛，驻后藏扎伦布，掌后藏寺院与其教民。在宗教上班禅略低于达赖，在政权上达赖高于班禅。前藏行政机构主要有噶厦和商上。噶厦为总管藏务会议厅，设三品官噶布伦四人。商上为分管财政的机构，除以噶布伦一人管理外，设四品仔琫三人，商卓特巴二人。还有专掌粮务的叶尔仓巴、掌道路的朗仔辖、掌刑名的协尔帮、掌马厂的达琫及第巴等四至七品的各种名目官员。后藏也设四品商卓特巴、叶尔仓巴，五品达琫等官员，掌管相应的政务。武官则有四至七品的戴琫、如琫、甲琫、定琫，从几人至百多人。凡前后藏皆有营寨，按其地理险易和大中小，各设边营官及营官，总计一百六十余人①。佛教在西藏盛行，喇嘛很多，有的喇嘛在噶厦、商上任职，而僧官又分国师、禅师、札萨克大喇嘛、札萨克喇嘛、大喇嘛、副喇嘛等，专掌教事。
清朝在西藏设官始于雍正五年，派驻藏大臣二人，驻前藏，统管前后藏地方及喇嘛事务。后改为办事大臣、帮办大臣各一人，分驻前后藏。按规定，驻藏大臣督办藏内事务与达赖、班禅地位相等，实际驻藏大臣职权更大，是清政府的代表。达赖、班禅及以下呼图克图十八人、沙布隆十二人等活佛转世，称为“呼毕勒罕”，即奔巴金瓶抽签，均由驻藏大臣监督。
西南地区的土官制甘肃、青海、西藏、四川、云南、广西、贵州等地，历来居住蒙、藏、瑶、壮、彝、黎等少数民族。清朝根据这些地区的特点，以当地的土著人作各级行政机构的长官，清朝政府予以承认，但是当官的人可以世袭，这就是土官制。有文武两类，文官如知府、知州、知县等，皆加“土”字。武官有指挥使司指挥使、长官司长官。从正三品至正七品。此外还有土游击、土都司、土守备等。清朝定制，文职土官共七阶，武职土官共五阶。其承袭、革除、升迁、降调，文隶吏部，武隶兵部。在地方上各归所在总督、巡抚或驻扎大臣、办事大臣等统辖。
① 《清史稿》卷117《职官四》。
① 《光绪大清会典》卷67；《清史稿》卷117《职官四》。
军事机构的建立和设官清朝以武功定天下，入关前就建立了著名的八旗制度。入关后又在进行武力征服和巩固统治的过程中，建立起人数更多的绿营兵制。同时对原有的八旗作了整编和改组，形成了禁旅八旗、驻防八旗和绿营兵的新的军事体制。
早期以三百丁为一牛录（后改为一二百丁），立一牛录额真，汉称为佐领。五牛录为一扎拦（甲喇），立一扎拦额真，汉称为参领。五扎拦为一固山（汉译为旗），立一固山额真，汉称为都统。固山额真立左、右美凌额真，汉称为副将。以正黄、正白、正红、正蓝、镶黄、镶白、镶红、镶蓝八种颜色的旗纛相区别，名为八旗。最先建立的是四正色，后扩充为四镶色。初建时仅为八旗满洲，继之又建八旗蒙古和八旗汉军，合之实为二十四旗。因为人数无论如何增加，只扩大牛录的数目，旗始终不变，所以总称八旗。清入关后，分置八旗满、蒙、汉军于北京城，按左、右翼方位而居：左翼镶黄在东北，依次而南正白、镶白、正蓝；右翼正黄在西北，依次而南正红、镶红、镶蓝。星罗棋布，“拱卫宸居”①。据乾隆后所编《大清会典》记载，京城的满洲佐领六百八十一，蒙古佐领二百零四，汉军佐领二百六十六，驻防佐领八百四十，总共近二千个佐领。八旗军队总兵额约二十万，其中十余万为禁旅八旗②。
侍卫处禁旅八旗的重要组成部分，担负守卫皇帝的任务。原来清朝皇帝自领八旗中的镶黄、正黄、正白三旗，称为“上三旗”，余称“下五旗”。侍卫处即由上三旗、宗室及“外藩”中选拔材武出众的子弟为侍卫，并以勋戚大臣为统帅而组成的一支军队。顺治元年定制，设官领侍卫内大臣正一品，内大臣从一品，散秩大臣从二品，等。侍卫分一二三四等。领侍卫内大臣“掌上三旗侍卫亲军之政令”，在内大臣、散秩大臣协助下，宿卫扈从，执行禁旅大将军的职能。侍卫处设协理、主事、笔帖式分掌章奏文书。侍卫掌营卫轮班宿卫，并受侍卫班领、署班领、侍卫什长分辖①。
骁骑营始于入关前的随营马兵阿礼哈超哈。顺治初定制为八旗都统所直辖。由马甲、领催、匠役等人组成。马甲按满蒙、汉军各佐领数抽调，各为营。领催又是从马甲中选拔的优秀人才。匠役是每佐领均有弓、矢、鞍、铁匠等。设官与八旗同，都统从一品，掌骁骑营之政令，副都统正二品，参领正三品，佐领正四品，分管上命下达及户口、田宅、兵籍等具体事务。前锋营始于入关前的噶布什贤超�